Restauratie is nodig om verdere beschadiging aan de toren en het gewelf tegen te gaan. Nu drukt de toren tegen het gewelf van de kerk aan, waardoor daarin scheuren zijn ontstaan. Met hulp van de Stichting Behoud Kerkelijke Gebouwen in Friesland heeft de stichting een planmatig onderhoudsplan gemaakt tot 2021.

De kosten werden in totaal begroot op 3 ton: 180.000 euro voor restauratie van de toren en 120.000 euro aan kosten voor onderhoud zoals schilderwerk en onderhoud aan de glas-in-loodramen. De aanbesteding viel echter lager uit, vertelt bestuurslid Gert Oonk, namelijk op 200.000 euro. De Stichting Behoud Bonifatiuskerk voor Dokkum haalde de 35.000 euro deels bij particulieren op en deels bij bedrijven.

De kerk uit 1871 wordt ongeveer zestig keer per jaar gebruikt voor diensten, waaronder de zondagse vieringen, begrafenissen en huwelijken. Daarnaast trekt de Bonifatiuskerk veel toeristen.