Nimr steunde de massale antiregeringsdemonstraties die in 2011 werden gehouden in een deel van het land waar de sjiieten al lang klagen dat ze worden achtergesteld bij de soennieten.

Hij werd gezien als de meest mondige sjiitische leider in het oosten van Saudi-Arabië, die bereid was tegen de machthebbers in te gaan. Hij stond bekend om zijn preken waarin hij de soennitische machthebbers in Saudi-Arabië bekritiseerde. Hij had ook kritiek op Iran voor de steun die Teheran verleende aan het Syrische regime in zijn strijd tegen de opstandelingen in Syrië.

Nimr werd in 2012 gearresteerd, waarna er dagenlange onrust ontstond. Twee jaar later werd hij ter dood veroordeeld, volgens zijn broer wegens „oproepen tot buitenlandse inmenging” in het land, ongehoorzaamheid aan de machthebbers en gewapende strijd tegen de veiligheidsdiensten.

Tijdens zijn gevangenschap ging Nimr in hongerstaking. Volgens mensenrechtenorganisaties is hij mogelijk gemarteld.