In 1906 kocht natuurbeschermer Jac P. Thijsse voor 150.000 gulden het Naardermeer (dat vermoedelijk al ontstaan is aan het eind van de voorlaatste ijstijd) en voorkwam zo dat het gebied een vuilstortplaats voor Amsterdam zou worden. Het meer was tot dat moment eigendom van de familie Rutgers van Rozenburg. Het waren de eerste hectares die in bezit kwamen van Natuurmonumenten.

Het Naardermeer speelde ook een rol toen Amsterdam in 1629 werd bedreigd door Spaanse troepen. De bedoeling was om het meer droog te leggen. Maar met de dreiging van de Spaanse troepen werden de dijken doorgestoken om een groot gebied onder water te zetten als verdediging. De eerste mislukte droogmaking was daarmee een feit.

De volgende poging werd in 1804 ondernomen, toen twee molens moesten zorgen voor de drooglegging van het Naardermeer. De molens hadden niet voldoende capaciteit. Daarom werd in 1809 nog een molen bijgebouwd, Molen De Onrust, maar ook dat was niet genoeg.

In 1883 volgde de derde poging tot inpolderen, dit keer met een stoomgemaal. Door een grote aanvoer van grondwater, moest veel water uit de polder worden gemalen. De kosten hiervoor werden te hoog en drie jaar later werd het gebied weer onder water gezet.

Tegenwoordig regelt Molen De Onrust het waterpeil van het Naardermeer, zonder ondersteuning van een ander gemaal.