De gevangenen zitten in militaire cellen en worden volgens de broederschap „zonder enige rechtvaardiging vastgehouden”. De gevangenen klagen onder meer dat ze vastzitten in cellen zonder ventilatie, dat advocaten en familieleden hen niet mogen bezoeken en dat zij herhaaldelijk „verschrikkelijk worden gemarteld”. Er zijn volgens de broederschap geheime gevangenissen die tot foltercentra voor „onschuldige politieke gevangenen” zijn verbouwd, zoals de gevangenis Aezoli in de provincie Ismailiya.

Vorig jaar juli werd president Mohamed Mursi, die uit de broederschap was voortgekomen, door het leger afgezet. Sindsdien wordt de broederschap zwaar onderdrukt.