De nieuwe kerkorde van de Protestantse Kerk in Nederland (PKN) draagt volgens het CGB een belijdend karakter. „Maar elkaar uitsluitende meningen over kernpunten van het christelijk geloof worden aanvaard als veelkleurigheid van geloven in de ene Heer.” Het CGB zegt te blijven streven naar een eenduidig belijdende kerk, „binnen of buiten de PKN.”

De zelfstandigheid van de plaatselijke gemeente is volgens de gereformeerde modaliteitsorganisatie onvoldoende gegarandeerd. Het CGB blijft van mening dat het uitgangspunt van de nieuwe kerkorde niet het hervormde kerkmodel was, maar dat uitsluitend de hoofdlijnen van die kerkorde zouden worden gevolgd. „Dat daar later eenzijdig de consequentie aan is verbonden dat impliciet ook is besloten afstand te doen van ”de mogelijkheid om als kerkenraad namens de gemeente gebruik te maken van de plicht tot uittreden uit het kerkverband” is onjuist.” Het CGB ontkent dat een besluit van deze strekking langs de kerkelijke weg is aanvaard.

Een derde punt van zorg vindt de organisatie het feit dat de Gereformeerde Kerken een onevenredig groot deel van het werk van de gezamenlijke dienstverlening gaan betalen.

Het CGB roept de gereformeerde synode op bij de stemming over het verenigingsbesluit te streven naar eenparigheid van stemmen. „Lukt dat niet, dan moet de beraadslaging worden heropend, opdat eenstemmigheid wel zal worden bereikt. (…) Dat deze vereniging daarom enige maanden zal moeten worden uitgesteld, kan onzes inziens geen reden zijn om (…) ja te zeggen en vele kerken van u te vervreemden.”