De brouwerij is een familiebedrijf. Als 22-jarige kocht Gerard Heineken (1841-1893) op 15 februari 1864 de bierbrouwerij De Hooiberg aan de Nieuwezijds Voorburgwal. In 1867 liet hij een nieuwe brouwerij bouwen in de weilanden aan de rand van de stad, bij de plek waar nu de Stadhouderskade is. Hier verscheen ook het café De Vijfhoek met boven de ingang een vijfpuntige ster, die nog in het logo staat.

Heineken liet in de omgeving arbeidershuizen bouwen en voor zichzelf een villa. In deze villa zit nog steeds het hoofdkantoor. De jonge Gerard gebruikte de modernste snufjes. Toen hij merkte dat het Beiers bier populair was, trok hij Duits personeel aan om zogenoemd ondergistend bier te maken. Hierbij vindt het gistingsproces plaats bij een lage temperatuur. „Hiervoor werd ijs uit Noorwegen gehaald. Later kwamen er ook speciale ijsmachines”, aldus Stapel.

Het lukte Gerard uiteindelijk om een biertje maken van een constante kwaliteit. In 1875 kreeg hij hiervoor in Parijs een gouden medaille. Tijdens de Wereldtentoonstelling in 1889 kreeg hij hier ook een Grand Prix toegekend. Deze prijzen sieren nog steeds het etiket.

Er kwam een vestiging in Rotterdam, terwijl ook de brouwerij aan de Stadhouderskade zich steeds verder uitbreidde. Er kwamen stallen voor paarden en wagens, waarmee de fusten vervoerd werden. De koninklijke familie gebruikte deze stallen geregeld bij bezoek aan de hoofdstad. Zo werden voor het huwelijk van prins Willem-Alexander en prinses Máxima in 2002 de paarden en de Gouden Koets bij Heineken gestald.

Toen Gerard in 1893 op 52-jarige leeftijd overleed, was zijn brouwerij de grootste van het land. In de jaren 30 werden onder zoon Henry Pierre diverse brouwerijen in binnen- en buitenland overgenomen. Zijn zoon Alfred (1923-2002) werkte al vanaf zijn 18e in de brouwerij en ging naar de Verenigde Staten voor een stage. Alfred leerde hier het belang van reclame en wist het bedrijf internationaal verder uit te breiden. Ook lukte het hem de aandelen terug te kopen, die zijn vader had verkocht, zodat de familie weer een meerderheidsaandeel kreeg. Toen Alfred in 2002 overleed, erfde dochter Charlene de Carvalho-Heineken zijn aandelen.

In 1988 werd de productie aan de Stadhouderskade gestaakt en in zijn geheel overgebracht naar de vestigingen in Zoeterwoude en Den Bosch. In het oude gebouw is nu het bezoekerscentrum Heineken Experience.