Het vissen met dergelijke megaschepen stuit op veel verzet, met name bij milieuorganisaties. De schepen blijven maanden achtereen op zee. Ze verbruiken veel brandstof en brengen met hun sleepnetten schade toe aan de zeebodem. Ook is er veel onbedoelde bijvangst, zoals dolfijnen, zeehonden en ‘ongewenste’ vissoorten. Verder vangen ze zoveel vis dat voor lokale vissers weinig meer overblijft en worden ze verantwoordelijk gehouden voor de overbevissing van de zeeën.

De megatrawlers zijn eigenlijk drijvende fabrieken. De vangst wordt aan boord verwerkt en gekoeld of diepgevroren.

Vorig jaar kwam de Nederlandse supertrawler Margiris in het nieuws. Het schip wilde voor de kust van Australië 18.000 ton makreel en redbait vangen, de helft van het Australische visserijquotum. Milieuminister Tony Burke stak daar een stokje voor, door een 2 jaar durend wetenschappelijk onderzoek te gelasten naar de gevolgen van de megaschepen voor het leven in de zee. De Margiris, intussen omgedoopt tot Abel Tasman, is van dezelfde eigenaar als de Annelies Ilena.