De organisatie, die ooit met zeven lidstaten begon, omvat nu 38 landen, waaronder alle 28 lidstaten van de Europese Unie. Zij vertegenwoordigt een centraal loket voor octrooiaanvragen voor een markt van 600 miljoen inwoners.

Het Europees Octrooiverdrag (EOV) werd op 5 oktober 1973 in München ondertekend en vestigde daarmee een wettelijk kader voor octrooiverlening in Europa. Voordien waren er veel verschillende nationale systemen, die elk de octrooiaanvraag moesten honoreren. Nu gebeurt de verlening van een octrooi centraal, met dezelfde normen voor elk land. Inmiddels is het Europese octrooisysteem nog verder verbeterd met de introductie van het eenheidsoctrooi dat in alle EU-landen geldig is.

De voorloper van het Europees Octrooibureau (het IIB) werd in 1947 in Rijswijk gevestigd als eerste centrale intergouvernementele instelling die in Europa diensten op het gebied van octrooionderzoek en -documentatie verleende. In 1978 ging het IIB op in het EOB.

Het onderdeel van het EOB in Rijswijk is met zijn 2800 medewerkers, merendeels hoogopgeleide technici en wetenschappers die daar als octrooionderzoekers werken, de grootste internationale organisatie in Nederland.

Het aantal ingediende octrooiaanvragen is enorm gestegen, van 4000 in 1978 tot circa 260.000 in 2012.