De Wilhelminakerk, op de hoek van de Oranjeboomstraat en de Persoonsstraat, was eind negentiende eeuw gesticht als nieuwe wijkkerk van de toenmalige Nederduitsch Hervormde Gemeente. Het bedehuis telde 1600 zitplaatsen. In de jaren na de sloop vielen tal van andere Rotterdamse kerken ten prooi aan de slopershamer.

De Wilhelminakerk was ontworpen door architect Barend Hooykaas jr. en kon worden gebouwd dankzij een gift van de gezusters Van Dam. De ingebruikname had plaats op 27 november 1898. Nadat het fanfarekorps Obadja in de vroege ochtend van de torentrans fanfaremuziek blies, begeleidde het daarna in de kerkdienst de kerkzang. Pas in 1901 kreeg de kerk een orgel, gebouwd door D. G. Steenkuyl te Amsterdam.

Ds. W. Astro, predikant van IJsselmonde, hield de inwijdingspreek over 1 Petrus 2:5: „Zo wordt gij ook zelf, als levende stenen, gebouwd tot een geestelijk huis.” Het kerkzegel had als opschrift: „’t Is ’t veiligst oord dat blijft bij ’t Woord.” Vier maanden later, op 5 maart 1899 deed de eerste predikant van de Wilhelminakerk zijn intrede. Ds. Sake Monsma zou tot 1915 blijven.

In de tijd dat de Wilhelminakerk werd gebouwd, was Rotterdam-Zuid danig in beweging. Nieuw gegraven havens boden aan duizenden mannen werk. De nieuwe gezinnen die in Rotterdam-Zuid kwamen wonen, waren vooral afkomstig van de Zuid-Hollandse en de Zeeuwse eilanden.

In 1928 beschikte de hervormde gemeente van Feijenoord over drie kerkgebouwen: de Wilhelminakerk, de Marana­thakerk en Gebouw Pretoria. In later jaren telde de gemeente zes predikantsplaatsen: twee met Gereformeerde Bondssignatuur, twee van de confessionele modaliteit en twee van middenorthodoxe richting.

De Wilhelminakerk werd het domein van de legendarische organist Feike Asma. Op 1 juni 1938 gaf hij er voor het eerst een orgelconcert in deze kerk, daartoe uitgenodigd door het Comité Nagedachtenis Jan Zwart. De toenmalige predikant, ds. Joh. A. Raams (1936-1946), opende en sloot de avond met gebed. Asma vestigde zijn roem in de Wilhelminakerk.

In 1958, bij de viering van het 60-jarig bestaan van de kerk, constateerde wijkpredikant ds. Jac. Treffers (1946-1965) een grote teruggang in kerkgang en gemeenteleven. Rotterdam-Zuid verpauperde meer en meer. Woningen werden niet meer onderhouden of werden gesloopt. Bewoners vertrokken, winkels verdwenen, kerken raakten leger of werden gesloopt.

Drie jaar later schreef ds. Treffers: „Deze wijkgemeente telde vijfduizend zielen. Ieder jaar wordt hun aantal minder. 
Als de sanering doorgaat, blijft er praktisch niemand meer over.”

De Wilhelminakerk, die ooit 1200 tot 1500 kerkgangers borg, was in die tijd nog maar voor een kwart gevuld. In 1962 waren het er niet meer dan 200 tot 300. De jaren daarna liep het kerkbezoek nog verder terug tot 80 à 90 kerkgangers. Als er echter een predikant van Gereformeerde Bondsrichting kwam preken, was de kerk weer gevuld met 500 tot 800 mensen.

Uiteindelijk werd op 15 oktober 1972 de laatste dienst in de Wilhelminakerk gehouden door ds. K. H. Meijer. In zijn afscheidspreek noemde hij de sluiting van de kerk een teken van de numerieke achteruitgang van de Hervormde Kerk. Het sluiten van het kerkgebouw betekende volgens hem niet „dat hier ook de verkondiging van het Evangelie ophoudt. Die gaat gewoon door.”

Toen in 1973 de kerk werd gesloopt werd de naastgelegen pastorie ingericht als kerkzaal. Deze kreeg de naam van Wilhelminakapel. Nadat ook deze moest sluiten, werden er nog eens per maand kerkdiensten gehouden in het CJV-gebouw, verderop in de Oranjeboomstraat. Op 6 november 1988 kwam ook daar een eind aan. De overgebleven gemeenteleden kregen de keus lid te worden van de Maranathakerk of van de gemeente Vreewijk of gastlid te worden van de gereformeerde Koningskerk.