juni 2002: verbouwing museum duurt 2 jaar langer. Het hoofdgebouw gaat niet dicht van eind 2003 tot medio 2006, maar tot 2008. Kosten verbouwing worden geschat op ruim 200 miljoen euro.

januari 2003: medewerkers beginnen met inpakken van ruim 1 miljoen kunstobjecten voor de grootste kunstverhuizing van Nederland.

december 2003: het hoofdgebouw sluit de deuren voor het publiek. De topstukken zijn te zien in de Philipsvleugel. Het museum zal naar verwachting medio 2008 de deuren heropenen.

mei 2005: de architecten moeten een nieuwe ingang ontwerpen omdat de hoofdentree van stadsdeel Amsterdam Oud-Zuid niet in de onderdoorgang mag komen. Dat hindert fietsers en voetgangers.

maart 2006: het ministerie van OCW meldt dat de opening is verschoven naar eind 2009. De vertraging is onder meer het gevolg van een aanpassing van het ontwerp en een milieueffectrapportage.

januari 2007: het ministerie van OCW meldt dat de opening is verschoven naar medio 2010. Er is vertraging rond het afgeven van vergunningen.

februari 2008: het ministerie van OCW meldt dat de opening is verschoven naar 2012 of 2013. De opdracht wordt opnieuw aanbesteed. Het bod van de enig overgebleven aannemer vindt het ministerie onaanvaardbaar hoog.

december 2010: het totale projectbudget wordt bijgesteld van 366 naar 375 miljoen euro.

augustus 2011: directeur Wim Pijbes wil af van de fietsers in de onderdoorgang. Stadsdeel Zuid wil de passage houden.

april 2012: stadsdeel Zuid wil onderdoorgang toch sluiten voor fietsers om redenen van verkeersveiligheid.

juli 2012: de gemeente Amsterdam bepaalt dat de passage na heropening open moet zijn voor fietsers.

juli 2012: overdracht van het hoofdgebouw aan het Rijksmuseum. De inrichting kan beginnen.

augustus 2012: de FK 23 Bantam, het oudste in authentieke toestand bewaard gebleven vliegtuig in Nederland, is het eerste voorwerp dat het museum wordt binnengebracht.

september 2012: het Rijksmuseum maakt bekend dat het zijn deuren opent op 14 april 2013.