Funda is grotendeels in handen van de Nederlandse Vereniging van Makelaars (NVM). Volgens de NMa krijgen makelaars die lid zijn van de NVM een prominentere plaats op de woningsite. Het woningaanbod van NVM-makelaars staat altijd hoger dan het aanbod van makelaars die geen lid zijn van de NVM. Die lopen daardoor klanten mis.

De NVM verklaart dat ze Funda heeft opgericht „om de dienstverlening en het woningaanbod van de NVM en haar leden te profileren.” „Wij hebben destijds het risico genomen, de investeringen gedaan en de website continu verbeterd, zodat het nu de meest succesvolle woningsite van Nederland is. Inmiddels kunnen ook niet-NVM-leden daarvan profiteren. Maar dat betekent vanzelfsprekend niet dat niet-NVM-leden dezelfde behandeling moeten krijgen als NVM-leden”, aldus woordvoerder Roeland Kimman.