Het ministerie steunt het besluit van de internationale troepenmacht ISAF om geen arrestanten meer af te leveren bij gevangenissen die in opspraak zijn geraakt. ISAF besloot daartoe nadat de BBC had geschreven over een nog niet gepubliceerd rapport van de Verenigde Naties. Daarin zou onder meer staan dat de politie en andere veiligheidsdiensten in Afghanistan geheime gevangenissen hebben ingericht, waar gedetineerden onder meer met elektrische schokken tot bekentenissen worden gedwongen.

Ook een gevangenis in Kunduz, waar Nederland een politietrainingsmissie heeft, wordt volgens de BBC niet langer door ISAF gebruikt. Volgens een woordvoerder van het ministerie hoeft dat niet direct tot problemen te leiden, omdat arrestanten ook door de internationale troepenmacht zelf kunnen worden vastgehouden. Het ministerie heeft het VN-rapport inmiddels opgevraagd en stelt dat de Afghaanse autoriteiten hard moeten optreden om een einde te maken aan de martelingen, indien de berichten juist blijken.

De politietrainingsmissie in Kunduz is bedoeld om Afghaanse agenten te trainen en op te leiden en de zogeheten justitiële keten te versterken. Daarbij ligt de nadruk op de civiele politie en justitie en de samenwerking daartussen. Het gevangeniswezen wordt ondersteund en getraind door de Verenigde Staten en het Internationale Rode Kruis.

Wel wordt in de politietrainingsmissie aandacht besteed aan de mensenrechten. Dit onderwerp, waaronder het verbod op marteling, komt volgens het ministerie ruimschoots aan de orde in de basistraining en de aanvullende training voor Afghaanse agenten.