Fuller studeerde in Cambrigde onder zijn oom John Davenant, die afgevaardigd was naar de Dordtse synode en daar een gematigd standpunt innam. Daarin zou Thomas Fuller hem navolgen.

In 1630 werd hij predikant te Cambridge en begon hij te schrijven. Zijn eerste pennenvrucht was een gedicht over ”Davids vreselijke zonde, hartelijke berouw en zware straf”. In Cambridge ontwikkelde hij een grote liefde voor de kerkvaders. Kennis van hun werken vond hij zeer nuttig. In dat verband schreef hij: „Een geleerde heeft eens gezegd dat wij dwergen zijn die staan op schouders van reuzen. Maar als wij nut willen hebben van de lessen van de vaders, dan moeten we moeite doen om op hun schouders te klimmen. Wanneer wij, als dwergen, slechts op de grond staan, reikt ons hoofd nog niet tot hun middel. Ik ben bang dat velen die het minst in (de boeken van) de vaders kijken, zich erop beroemen verder te kunnen zien dan zij.”

In 1634 werd Fuller benoemd in Broadwindsor. Daar schreef hij zijn eerste belangrijke historische geschrift ”De geschiedenis van de heilige oorlog”, waarmee hij de kruistochten bedoelde. Later werd hij prediker in Savoy in Londen.

Het was onrustig in Engeland. Koning Charles was alleenheerser in de staat –het parlement had hij in 1629 naar huis gestuurd– en bisschop Laud heerste in de kerk. Hij had meer sympathie voor de Kerk van Rome dan voor het streven van de puriteinen. Zowel Charles als Laud werd dan ook gewantrouwd door de invloedrijke puriteinse minderheid en door de Schotse gereformeerden.

Om verzet in te dammen, had Charles toch de steun van het parlement nodig. Dit riep hij bijeen en op gezag van het parlement kwam er ook een kerkelijke vergadering, de convocatie, bijeen. Thomas Fuller was afgevaardigde. Toen de koning na twintig dagen het parlement weer ontbond, meende hij dat ook de convocatie ontbonden moest worden, maar na koninklijk bevel vergaderde dit college verder.

De convocatie probeerde te laveren tussen de hang naar de roomse eredienst en het puriteinse ideaal. Hoe gevoelig de zaken lagen, blijkt daaruit dat men zelfs discussieerde over de plaats van de avondmaalstafel in de kerk, wanneer er geen avondmaal gevierd werd. Sommigen beschouwden die tafel als een altaar, maar anderen toonden hun afkeer daarvan door de tafel als garderobe te gebruiken en er demonstratief hun hoed en jas op te leggen.

De onrust resulteerde in een burgeroorlog. Fuller koos overtuigd de zijde van de koning en werd daarom door het parlement gewantrouwd. De koning was volgens hem de gezalfde des Heeren, dus weigerde hij onvoorwaardelijk trouw aan het parlement te zweren en voegde hij zich bij de troepen van de koning. Daar werd hij door zijn gematigde opstelling eveneens gewantrouwd. In deze periode schreef hij zijn ”Goede gedachten in slechte tijden”.

De koningsgezinden verloren de burgeroorlog en Cromwell kreeg de leiding. Bisschop Laud en later ook koning Charles werden terechtgesteld. Fuller kreeg een preekverbod, maar door adellijke beschermheren kon hij toch regelmatig voorgaan.

Fuller was als auteur zo geliefd dat hij van zijn pen kon leven. Hij publiceerde onder andere over de zekerheid van het geloof. Daarin nam hij afstand van de stelling dat een waar gelovige altijd verzekerd is van zijn staat. Die leer bracht veel van Gods kinderen volgens hem in benauwdheid. De zekerheid van eigen staat was een vrucht van het geloof, niet het geloof zelf.

Ook publiceerde hij boeken over het land Israël en over ”Abel, die spreekt nadat hij gestorven is”. Een schat aan informatie verzamelde hij in zijn boek over bijzondere personen uit Engelands geschiedenis.

In 1660 waren de zaken in Enge­land zodanig gewijzigd dat de zoon van koning Charles, Charles II, de troon besteeg. Na deze restauratie werd Fuller zijn hof­prediker. Maar het jaar daarop kreeg hij de typhus. Op 16 augustus 1661 overleed hij.

Fuller was geen tegenstander van verdere reformatie. In zijn gemeenten probeerde hij die te bevorderen door middel van de prediking, maar ook door aan te dringen op kennis van de Schrift en op persoonlijke godzaligheid. Hij bestreed in zijn preken juist die zonden die hij in zijn parochie tegenkwam.

Maar naar zijn mening was het niet juist om reformatie door middel van revolutie te bewerkstelligen, zoals een aantal puriteinen tijdens de burgeroorlog wensten. Onder verwijzing naar de koningen van Juda stelde hij dat de koning de taak had de kerk te reformeren, en dat het volk niet in opstand moest komen omdat hij daarin te veel of te weinig deed. Het volk moest helpen in het reformeren van de kerk door eigen huis te reformeren en door te bidden.

Fuller rekende meer dingen tot de middelmatigheid dan veel puriteinen en hij wilde de rooms-katholieken niet nodeloos ergernis geven. Verder zal ook het niet altijd fraaie optreden van Cromwell ervoor gezorgd hebben dat Fuller in zijn ”Kerkgeschiedenis van Engeland” de puriteinen en hun streven afstandelijk en kritisch beschreef – tegenover degenen die zich hadden afgescheiden van de Anglicaanse Kerk was hij zelfs vijandig.

Fullers leven laat zien hoe complex de kerkelijke en politieke situatie in Engeland was. Dat maakt het moeilijk een afgewogen oordeel te geven. Thomas Fuller was een piëtist die geen puritein was. Maar dat is te verkiezen boven een puritein die geen piëtist is.

Uitspraken van Thomas Fuller

„Gods kinderen zijn onsterfelijk zolang hun Vader op aarde iets voor hen te doen heeft”.

„Beter een klein vuur om ons aan te warmen, dan een groot om ons te verbranden”.

„De haat is net zo blind als de liefde”.

„Een gesloten boek is niet meer dan een blok”.

„Het paradijs voor een dwaas is de hel voor een wijze”.

„Wanhoop geeft moed aan een lafaard”.

„Een spreekwoord is veel inhoud, ingekookt tot weinig woorden”.