De aanklagers proberen, tot dusverre vruchteloos, aan te tonen dat er een causaal verband bestaat tussen Bashirs verbale geweld en terroristische aanslagen. Een veroordeling wegens betrokkenheid bij de aanslagen in 2002 op Bali is nietig verklaard en aanklachten over aanslagen op kerken en een hotel in Jakarta hebben niet tot een veroordeling geleid.

Bashir wordt er nu van beschuldigd geld te hebben gegeven aan een terroristische groep in de provincie Atjeh. Ook leidt hij een beweging, de Jemaah Ansharut Tauhid, die terrorisme zou bevorderen.