Halkes was in Nijmegen van 1983 tot 1986 de eerste hoogleraar feminisme en christendom in Nederland. De neerlandica belandde via diverse functies in de rooms-katholieke vrouwenbeweging bij de theologische faculteit van de Katholieke Universiteit Nijmegen.

Haar naam zal voor altijd verbonden blijven met het bezoek van paus Johannes Paulus II aan Nederland in 1985. Als kritische rooms-katholiek mocht ze van kardinaal Simonis hem niet toespreken. Vervolgens stal ze de show op de eerste bijeenkomst van wat de vernieuwingsgezinde Acht Mei Beweging zou worden.

Van haar hand verschenen diverse publicaties. Ook werd de aartsmoeder van de feministische theologie diverse malen onderscheiden.

„Mijn pleidooi is altijd geweest, dat zogenaamd vrouwelijke waarden als zorg, tederheid en communicatie niet meer als vrouwelijke maar als menselijke waarden worden gezien”, aldus Halkes. „Pas als die waarden door mannen en vrouwen gelijkelijk worden gerealiseerd, krijgen we een meer humane cultuur.”

„In de westerse samenleving zijn economie en winst goden geworden, in plaats van dat we gevoelig zijn geworden voor het geheim en het mysterie”, schreef ze in haar boek Oorsprong en Einder. De toenemende individualisering in het westen baarde haar daarom zorgen. „Het ‘ieder voor zich en de economie voor ons allen’ mag niet het laatste woord hebben.”