„In de naam van Allah, ik heb niets te zeggen. Ik leg geen verklaring af. Dank u zeer”, zei Moussaoui. Rechter Leonie Brinkema vatte het antwoord van Moussaoui echter op als een verklaring van onschuld.

De rechter bepaalde dat het proces tegen hem op 14 oktober zal beginnen, ondanks de bezwaren van de advocaten van de verdachte. Zij vinden 14 oktober te dicht bij 11 september liggen en verwachten rond die tijd een enorme hoeveelheid publiciteit over de zaak. Ook wilden de advocaten meer tijd om de zaak voor te bereiden.

Als Moussaoui schuldig wordt bevonden, wacht hem mogelijk de doodstraf. Er zijn zes aanklachten tegen hem ingediend. Op vier daarvan staat de doodstraf, op de twee andere levenslang.

De 33-jarige Moussaoui, een Fransman van Marokkaanse afkomst, had al eerder gezegd onschuldig te zijn. Hij werd op 11 december, precies drie maanden na de aanslagen, in staat van beschuldiging gesteld. Hij wordt ervan verdacht actief te hebben deelgenomen aan het terroristische complot dat leidde tot zelfmoordaanslagen met vliegtuigen op het World Trade Center in New York en het Pentagon in Washington, waardoor ruim 3000 doden vielen. Hij zou onder meer in 1998 een training hebben gevolgd in een kamp van Bin Ladens terroristische organisatie al-Qaida in Afghanistan.

Moussaoui zit al vast sinds 16 augustus. Bij de vier kapingen op 11 september waren negentien kapers betrokken. Moussaoui werd aanvankelijk door justitie in de VS als „de twintigste kaper” beschouwd. Een vliegschoolhouder vertrouwde het niet toen de Fransman alleen geïnteresseerd bleek te zijn in rechtdoor vliegen en het nemen van bochten en niet in opstijgen en landen. Hij waarschuwde de politie.

Die hield Moussaoui in de staat Minnesota aan omdat zijn papieren niet klopten. Alleen daarom zou Moussaoui niet aan boord zijn geweest van het vliegtuig dat op 11 september in een veld in Pennsylvania neerstortte, kennelijk na een schermutseling tussen de kapers en de passagiers. Aan boord van dit toestel waren vier kapers, in de andere drie gekaapte toestellen waren vijf kapers aan boord gegaan.

Maar de Amerikaanse federale politie FBI heeft uiteindelijk geen aanwijzingen kunnen vinden dat Moussaoui inderdaad actief meegedaan zou hebben aan de aanslagen als hij niet had vastgezeten. In zijn computer zijn wel gegevens gevonden over sproeivliegtuigen en windrichtingen.