Het gehele Peter Gerritzorgel (1497/1547), kassen en binnenwerk, is in 1952 door de staat voor onbepaalde tijd aan de kerkvoogdij van de hervormde gemeente van Middelburg in bruikleen gegeven, ten behoeve van de Koorkerk. In dit gebouw kerkt de Vereniging van Vrijzinnig Hervormden (VVH), nu behorend tot de PKN te Middelburg. Omdat samenvoeging van kas en binnenwerk gecompliceerder bleek dan men dacht, werd het binnenwerk van het orgel opgeslagen in een rijksdepot. In 1953 besloten drie ministers de bruikleenovereenkomst te beperken tot een periode van honderd jaar. In 1999 heeft het Rijk de bruikleenovereenkomst met de hervormde gemeente te Middelburg aangepast voor telkens een periode van vijf jaar.

De Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed (RCE) wil nu de orgelkas en het binnenwerk herenigen op de oorspronkelijke plek, de Nicolaïkerk te Utrecht. Daartoe heeft de dienst de Stichting Peter Gerritzorgel (PGO) opgericht. Het projectplan van deze stichting werd van een positief advies voorzien door de RCE. Echter, in 2007 verleende de gemeente Middelburg geen monumentenvergunning voor de verwijdering van de historische orgelkas uit de Koorkerk. Toen in 2009 de belofte werd gedaan een vervangende historische orgelkas (uit Harenkaspel, 1526) in de Koorkerk te plaatsen, gaf de gemeente Middelburg alsnog de vereiste monumentenvergunning af. Tegen die vergunning gingen de Stichting tot Bescherming van het Peter Gerritzorgel en de VVH Middelburg in beroep bij de rechtbank. Beide verwijten de gemeente een formalistische opstelling en een onzorgvuldige afweging van belangen. De cultuurhistorische waarde van het orgel is volgens hen volledig buiten beschouwing gelaten.

Het passend object dat het Rijk in 1952 zocht voor de Koorkerk, had echter volgens de gemeente net zo goed een altaarstuk kunnen zijn. Dat de orgelkas volgens bezwaarmakers onlosmakelijk met de Koorkerk verbonden is, wijst de gemeente dan ook van de hand. Bezwaarmakers noemen de orgelkas echter een belangrijk, beeldbepalend historisch element in Middelburg, waarbij de VVH vasthoudt aan de overeenkomst dat de orgelkas volgens contract tot 2052 in de Koorkerk blijft.

Maar voor de bestuursrechter is het de vraag of de VVH het privaatrechtelijk eigendomsrecht van de Koorkerk heeft, en zo niet, of ze dan een vervangende orgelkas kan weigeren. Dat vergt nadere onderbouwing. Ook wil de bestuursrechter dat bezwaarmakers de vermeende belangenverstrengeling tussen de PGO en de RCE met feiten onderbouwen. De rechter eiste van de gemeente dat zij de bouwkundige adviezen over de verplaatsing aanlevert. Partijen hebben vier weken de tijd om de vereiste stukken aan te leveren, waarna de hoorzitting wordt vervolgd.