De Landelijke Vergadering (LV), vergelijkbaar met een generale synode, besloot het onderwerp buiten het zicht van media te 
behandelen. Volgens moderamenvoorzitter A. P. de Boer kwam dat mede door de gevoeligheid van het thema.

De vergadering was onder meer beducht voor selectieve verslaggeving in de media. Bovendien wilde men polarisatie zowel binnen als buiten het kerkgenootschap voorkomen. Ook het beschermen van gemeenteleden die kwetsbaar kunnen zijn speelde een rol.

Aanleiding voor het spreken over homoseksualiteit vormde onder meer een verzoek van drie regio’s, te weten Urk, Harderwijk en Alkmaar-Zaandam, om een uitspraak te doen over de vraag hoe gemeenten moeten omgaan met homoseksuele leden. Eerder besloot de kerkenraad van de gemeente in Utrecht namelijk om homoseksuele gemeenteleden toe te laten tot het ambt van 
ouderling en diaken.

De kerkenraad van de Jeruzalemkerk uit Urk verzocht de LV ook uitspraak te doen over het afleggen van geloofsbelijdenis en de deelname aan de sacramenten door praktiserende homoseksuele gemeenteleden. De Urker kerkenraad is verontrust over de opschuivende standpunten over homoseksualiteit in de NGK. Hij gaf vooraf aan een zorgvuldige afweging en uitspraak op landelijk niveau te willen, die in lijn ligt met Gods Woord. Ook de NGK uit Harderwijk, Kampen en Alkmaar wilden het principebesluit op de agenda zodat de LV hierover uitspraak zou doen.

Uiteindelijk nam de vergadering alleen het besluit dat een brede studiecommissie rondom het onderwerp ambt en homoseksualiteit zou worden ingesteld. De drie regio’s moeten voor de volgende vergadering een gedetailleerd plan voor deze studiecommissie indienen. Daarbij is vereist dat de opdracht, de gronden en alle afwegingen op specifieke punten duidelijk zijn geformuleerd.

Een bezwaarschrift van de voormalige predikant van de NGK te Hattem, P. R. Gort, tegen de gang van zaken rond zijn afzetting, werd ook in beslotenheid behandeld. De LV verklaarde het bezwaarschrift niet ontvankelijk.

Anders dan RD 29-11 meldde, is ds. P. R. Gort vorig jaar niet afgezet, maar om niet-tuchtwaardige reden losgemaakt van de Nederlands gereformeerde kerk te Hattem. De regio (classis) Harderwijk heeft hem als predikant in volle rechten gehandhaafd en in haar vergadering van 10 september 2009 voor een periode van twee jaar beroepbaar gesteld.