De voormalige burgemeester van Amsterdam en oud-minister van Binnenlandse Zaken kwam na het onderzoek tot de conclusie dat een aantal wethouders elkaar - al kort na de vorming van het college - niet kon verdragen. Dit werd gevoed door een aantal incidenten binnen het college, een capaciteitsprobleem in het ambtelijk apparaat en een te lang lopend en ambitieus centrumproject. Volgens Van Thijn escaleerde dit „tot zeer heftige bejegeningen” en „tot een ernstige verstoring van de verhoudingen”.

Om de weg vrij te maken voor de vorming van een nieuw college stapten de vier wethouders op tijdens een bijzondere raadsvergadering. Verder besloot de gemeenteraad op korte termijn een interim-gemeentesecretaris en een formateur van buitenaf aan te stellen. Voor de laatste taak deed de raad een beroep op Van Thijn. Van Thijn nam de opdracht aan, al liet hij bij de presentatie van zijn rapport nog weten „daar niet om te zitten springen”. Van Thijn: „Het is geen leuke klus. Ik heb ooit een kabinet mogen formeren. Dat was ook niet leuk. Maar ja, wie a. zegt, moet ook b. zeggen.”

De eerste slachtoffers van de crisis waren burgemeester F. Jonkman en gemeentesecretaris I. Wijers. Half maart meldde de burgemeester zich ziek en nam de gemeentesecretaris ontslag, na nog geen vijf maanden in dienst te zijn geweest. Met deze mededelingen, kwam het bestaan van een bestuurscrisis in de openbaarheid.

Van Thijn vindt dat Jonkman in het conflict tussen de gekozen wethouders „flinke schrammen” heeft opgelopen, maar dat de crisis hem onvoldoende verwijtbaar is.