Na de aanslagen op het World Trade Center en het Pentagon in september 2001 had Graham jr. de islam een „zeer slechte en verdorven” religie genoemd.

In brieven aan de geestelijke verzorging van het Pentagon eisen moslims een voorganger „die niet afstoot en die voor iedereen aanvaardbaar is.” Het Pentagon wilde niet op de klachten reageren. Een woordvoerster zei dat christelijke werknemers Franklin Graham als gastpredikant hadden voorgesteld. De geestelijke verzorging zal volgens haar de uitnodiging niet intrekken.

De uitnodiging aan de jonge Graham „zendt precies de verkeerde boodschap naar de Arabische en moslimwereld, namelijk dat iemand met anti-islamitische standpunten op het Pentagon welkom is”, aldus Ibrahim Hooper van de Raad van Amerikaans-islamitische betrekkingen.