De katholieke hoogleraar, die bekendstaat om zijn kritiek op de Rooms-Katholieke Kerk, schrijft op zijn site dat hij zowel ‘vriend’ is geworden van de landelijke Remonstrantse Broederschap als van de Doopsgezind-Remonstrantse Gemeente Nijmegen. Hij voelt zich niet meer thuis in de katholieke kerk omdat die volgens hem te weinig vernieuwend is. De theoloog heeft zich echter nog niet laten uitschrijven, zegt hij maandag in Trouw. „Ik blijf katholiek tot in mijn genen.”

Nissen wordt door de media vaak geraadpleegd over katholieke zaken, zoals over de misbruikkwestie binnen de katholieke kerk. Ook in het buitenland is de theoloog een bekende.

Wie ‘vriend’ is van de remonstranten, steunt die kerk financieel en onderstreept het gedachtegoed. De Remonstrantse Broedergemeenschap heeft zo’n zesduizend leden.

In 2007 hield de bisschoppenconferentie de benoeming van kerkhistoricus Nissen tot voorzitter van de Katholieke Vereniging voor Oecumene St. Willibrord en St. Athanasius tegen. Hij zou te weinig loyaal aan de R-K Kerk zijn.

Nissen is sinds 2009 hoogleraar cultuurgeschiedenis van de religiositeit aan de Radboud Universiteit Nijmegen. In dat jaar stapte een andere Nijmeegse hoogleraar ook al uit de Rooms-Katholieke Kerk. Jean-Pierre Wils, hoogleraar ethiek aan de Radboud Universiteit in Nijmegen, liet toen weten zich niet langer met het „antimoderne, antiplurale en totalitaire van de kerk” te willen associëren.