De gevangenen in Muthanna waren volgens de Iraakse autoriteiten vermoedelijke soennitische opstandelingen uit de Noord–Iraakse provincie Nineveh, die vorig jaar gearresteerd werden. De gevangenen zouden moeten worden overgedragen aan het openbaar ministerie voor een proces, maar werden in het complex vastgehouden.De gevangenen werden geblinddoekt en ondersteboven gehangen tijdens verhoor. Ondervragers sloegen en schopten de mannen en deden een vieze plastic zak over hun hoofden, totdat de gevangenen bewusteloos raakten. Met elektrische schokken door hun genitaliën werden ze gewekt. Ook moesten gevangenen ondervragers oraal bevredigen. De praktijken in Muthanna doen volgens HRW denken aan de misstanden in Abu Ghraib, de gevangenis die door het Amerikaanse leger gebruikt werd tijdens de invasie in Irak.

Enkele weken geleden maakte de Amerikaanse krant Los Angeles Times als eerste melding van de misstanden in Muthanna, waarop de Iraakse overheid enkele officieren die werkzaam waren in de gevangenis, voor verhoor meenam. Korte tijd later werd de gevangenis gesloten.

De eenheid die werkzaam was in het detentiecentrum, moest direct rapporteren aan het kantoor van sjiitische premier Nuri al–Maliki, maar overheidsfunctionarissen hebben ontkend dat noch Maliki noch iemand uit zijn directe omgeving op de hoogte was van het bestaan van de gevangenis. „Wat voor ons belangrijk is, is dat de gevangenis gesloten is en dat het nu verleden tijd is", aldus een woordvoerder van het Iraakse ministerie van Mensenrechten.

Volgens een woordvoerder van de veiligheidsdienst van Bagdad was het complex geen geheime gevangenis, maar een tijdelijk detentiecentrum waartoe alle mensenrechtenorganisaties toegang hadden. In totaal zouden zeker 421 Iraki’s gevangen hebben gezeten in het complex.