Het docentschap is verbonden aan de door de Unie van Baptisten Gemeenten aan de VU gevestigde bijzondere leerstoel voor de geschiedenis, identiteit en theologie van het Baptisme. De verwachting is dat Bakker binnen vier jaar kan worden voorgedragen voor een bijzonder hoogleraarschap op dezelfde leerstoel.Het gaat om een aanstelling van twee dagen per week. Daarnaast blijft Bakker (49) docent systematische en historische Theologie aan het Baptistenseminarium in Barneveld, en aan de Christelijke Hogeschool Ede.

Bakker gaat het onderwijs vanuit het Baptistenseminarium aan de VU coördineren en deels zelf verzorgen. Verder gaat hij binnen baptistengemeenten in Nederland onderzoek doen, waarbij hij vanuit het daadwerkelijk functioneren van de gemeenten tot een beschrijving van algemene opvattingen onder baptisten wil komen.

Bakker is aan de VU al gastdocent bij het Center of Evangelical and Reformation Theology (CERT). Van 1991 tot 2005 was hij voorganger in verschillende baptistengemeenten.