Borghouts overleefde de affaire waarbij de provincie circa 78 miljoen euro bij de inmiddels failliete IJslandse bank Landsbanki had ondergebracht. De kwestie achtervolgde hem al maanden. Zo was er kritiek op zijn benoeming tot bestuursvoorzitter van pensioenfonds ABP, omdat hij ‘besmet’ zou zijn door de Landsbankikwestie.Borghouts kwam in 2008 ook al onder vuur in zijn rol als voorzitter van de raad van toezicht van de Stichting IJsselmeerziekenhuizen. De raad zou vroegtijdig hebben geweten van het wanbeheer binnen de ziekenhuizen, maar onvoldoende maatregelen hebben getroffen. Borghouts weersprak dat.

Borghouts werd geboren in Bergen op Zoom in 1943 en ging na het gymnasium naar het Koninklijk Instituut voor de Marine, waar hij in 1964 afstudeerde. Na tien jaar als officier gewerkt te hebben, besloot hij voor enkele jaren huisman te worden en rechten te studeren.

Eind jaren zeventig begon Borghouts, wiens vader in de jaren zestig kort staatssecretaris van Defensie was, als ambtenaar bij het ministerie van Binnenlandse Zaken. Daar maakte hij razendsnel carrière. Toenmalig minister Dales benoemde hem tot directeur-generaal openbare orde en veiligheid. Ook haar opvolger Dijkstal was lovend over Borghouts.

In 1996 maakte Borghouts de overstap naar het ministerie van Justitie, waar hij onder minister Sorgdrager viel. In 2002 werd hij benoemd tot commissaris van de Koningin in Noord-Holland. Provinciale Staten verkozen hem boven oud-minister Netelenbos. Hij werd als eerste in zo’n functie namens GroenLinks benoemd.

Begin dit jaar raakte Borghouts betrokken bij de kwestie-Hulman. Burgemeester Hulman kwam in opspraak toen hij de gemeente Den Helder eind vorig jaar vroeg om een tegemoetkoming in zijn dubbele woonlasten en daarbij informatie achterhield over zijn financiële situatie. Borghouts bemiddelde en bedacht een constructie waarmee zowel Hulman als de gemeenteraad kon leven.