Moussaoui is in Frankrijk geboren, maar hij is van Marokkaanse afkomst. Hij werd een maand voor de aanslagen op 11 september gearresteerd op grond van „verdacht gedrag.” Het gedrag van de Fransman wekte verdenking op tijdens vlieglessen die hij had genomen. Onderzoek van zijn computergegevens bracht later uitgebreide contacten aan het licht met enkele van de kapers die op 11 september de aanslagen in New York en Washington uitvoerden.

Volgens minister van justitie John Ashcroft was het gedrag van Moussaoui „identiek” aan dat van de kapers. Uit de aanklacht wordt niet duidelijk of de Amerikaanse autoriteiten de Fransman ervan verdenken de twintigste ’ontbrekende’ kaper te zijn. Moussaoui wordt onder andere beschuldigd van samenzwering tot het kapen van een vliegtuig, het gebruik van massavernietigingswapens en moord.

In de aanklacht wordt ook de Saudische terroristenleider Osama bin Laden genoemd, die de Amerikanen ervan verdenken de septemberaanslagen te hebben georganiseerd. Moussaoui zal zich moeten verantwoorden voor een federaal gerechtshof in Virginia en niet voor een militair tribunaal.