Ds. J. P. Hasebroek schreef over hem: „Het leven van Hendrik Jacob Koenen kenmerkt zich door zekere aangename eentonigheid: het gelijkt een schone, heldere zomerdag: het begint, gelijk het eindigt. Koenen was vóór alle dingen een godsdienstig man; de godsdienst was voor hem de muzieksleutel, die de toon aangaf, uit welke de symfonie van zijn leven werd gespeeld.” Een teruggetrokken kamergeleerde was hij ook weer niet, maar toch is hij niet de man geweest die op de voorgrond stond binnen de kring van het Réveil.Op 11 januari 1809 werd Hendrik Jacob Koenen in Amsterdam geboren. De familie van zijn vaders kant was oorspronkelijk uit Duitsland afkomstig; zijn moeder was een Nederlandse. Zij was de oudste dochter van de Delftse burgemeester mr. Engelbert Pauw. Koenens vader was een aanzienlijk koopman; hij overleed precies een maand voor de geboorte van zijn zoon.

Zijn eerste onderwijs kreeg hij thuis van een gouvernante. Hij groeide heel beschermd op, met andere jongens van zijn leeftijd ging hij nauwelijks om. Een biograaf beschrijft de jongen als enigszins verlegen en onhandig, met een zekere schuwheid, eigenschappen die hem ook op latere leeftijd nooit helemaal hebben verlaten.

Door een predikant werd Koenens moeder erop geattendeerd dat haar zoon niet op de juiste wijze werd voorbereid op het studentenleven. Hendrik Jacob Koenen werd daarop in de zomermaanden, als de familie ’buiten’ was in de omstreken van Haarlem, naar het jongensinstituut ”Van ’t Hull” in die stad gestuurd en in de wintermaanden kreeg hij lessen van enkele leraren van de Latijnse school te Amsterdam.

In 1824 ging Koenen rechten studeren aan het Athenaeum Illustre te Amsterdam. In zijn onuitgegeven autobiografie herinnerde hij zich later nog zijn angst voor het studentenleven, maar de groentijd leverde slechts „een redelijke vrolijkheid.”

Met grote belangstelling volgde hij de colleges van professor D. J. van Lennep. Deze liet hem kennismaken met de werken van Bilderdijk. Koenen kocht diens gedicht ”Ondergang der Eerste Waereld”. Hij las en herlas het en volgens eigen zeggen was er na de ”Ilias” geen dichtwerk dat zo veel indruk op hem had gemaakt.

Van Lennep nodigde hem uit zijn privatissimum te volgen. Deze privélessen waren voor Koenen van grote waarde. „Aan dat college ben ik de getuigenis verschuldigd dat het meer dan eens de historische waarheid van de Schrift treffend deed uitkomen, zoals met opzicht tot de schepping der wereld uit ”Niets”.”

In 1831 promoveerde Hendrik Jacob Koenen op een juridische dissertatie aan de Leidse universiteit. Na het afsluiten van zijn juridische studie vestigde Koenen zich als advocaat, nadat hij in het huwelijk was getreden met zijn verre nicht: Dionysia Catharina van Halteren. De advocatuur beviel hem maar matig en hij gaf deze uiteindelijk op. Zijn omstandigheden lieten het toe dat hij niet serieus naar werk hoefde te zoeken.

Koenen ging zich meer en meer wijden aan een studie op literair en historisch terrein en begon tevens met publiceren. Zijn jongere tijdgenoot, Allard Pierson, merkte over hem op: „In zijn ruime woning vond men hem elk uur, dat hij aan huiselijk leven en bezigheden kon ontstelen, in het midden van een welvoorziene bibliotheek, dat allerminst bij hem alleen tot versiering diende voor zijn vertrek. Hij las buitengewoon veel, en dat vele was in de regel ontleend aan het gebied van godgeleerdheid, wijsbegeerte, letterkunde, geschiedenis en koophandel. Moeilijk kon men een punt aanroeren, waarover hij iets had gelezen, of aanstonds, wanneer het pas gaf, was een aantekening of een uittreksel bij de hand, waardoor hij zijn bezoeker in weinige ogenblikken op de hoogte bracht van zijn eigen lektuur.”

Hij was niet alleen prozaschrijver, hij was ook menig keer dichter en maakte zich verdienstelijk door het vertalen van Duitse, Engelse en Franse geestelijke liederen in het Nederlands.

Haagse kring
Binnen de kring van het Réveil nam Koenen een eigen plaats in. In zijn studententijd kwam hij in contact met de Haagse Réveilkring, waarvan Groen van Prinsterer de toonaangevende man was. Het Haagse Réveil kenmerkte zich, in tegenstelling tot het Amsterdamse, waarvan Da Costa het middelpunt was, door het meer gericht zijn op de praktijk. Men wilde invloed uitoefenen op maatschappelijk en politiek terrein en bovendien het kerkelijk standpunt hooghouden. In Amsterdam lag dit anders, daar stonden aanvankelijk de persoonlijke geloofsbevinding, het persoonlijke Bijbelonderzoek en de eigen Bijbelavonden onder leiding van Da Costa op de voorgrond. Da Costa’s voorlezingen op historisch, literair en godsdienstig gebied waren toonaangevend.

Koenen maakte ook deel uit van de Amsterdamse kring, maar niet zonder kritiek. Zijn moeder bracht hem voor het eerst in aanraking met Da Costa, de schrijver van ”De Bezwaren tegen den Geest der Eeuw”. Koenen kon haar verrukking over dit geschrift niet delen. In 1825 vond een persoonlijke kennismaking plaats, maar van toenadering was nog geen sprake. Die kwam pas toen Da Costa in 1830 zijn ontwerp voor zijn colleges over vaderlandse geschiedenis aan Koenen ter beoordeling gaf.

Er ontstond vriendschap tussen de twee mannen en Koenen werd een gretig toehoorder op Da Costa’s colleges. Maar zijn kritiek op Da Costa verloor hij niet. In zijn autobiografie wijdt hij meerdere bladzijden aan hetgeen hij noemt „Da Costianisme.” Hij wijst op de te grote invloed van Da Costa binnen de Amsterdamse Réveilgroep. Deze is te principieel. Dit uitte zich onder andere in zijn antivaccinatie- en de contrarevolutionaire theorieën, en verder in een ongepaste verwerping van geestelijke liederen; het te sterk accentueren van het leerstuk van de predestinatie en het smaden van de kerk.

Politiek
Ook op politiek terrein was Koenen actief. Op 4 oktober 1842 werd hij in de Amsterdamse gemeenteraad gekozen en als zodanig belast met de zorg voor publieke werken. Als wethouder oefende hij dit ambt vijf jaar uit. Toen hij op een gegeven moment tot het inzicht kwam dat hij te weinig praktisch was ingesteld om die functie naar behoren te vervullen, trad hij terug.

In 1850 werd Koenen lid van de Provinciale Staten. Drie jaar later stond hij als vertegenwoordiger van de Amsterdamse antirevolutionaire kiesvereniging ”Nederland en Oranje” kandidaat voor de Tweede Kamer, maar zonder succes. In 1843 werd hij curator van het Athenaeum en de Latijnse school.

Met een aantal studenten belegde hij een veertiendaags theecollege. Hij las met zijn gasten Goethe en hield hen bezig met geschiedenis en letterkunde. In het kerkelijk leven was Koenen als ouderling eerst verbonden aan de Waalse kerk en later aan de Nederlandse hervormde gemeente te Amsterdam.

Met anderen ondertekende hij in 1853 de bezwaarschriften tegen de moderne predikant Meyboom. In de vijftiger jaren maakte Koenen deel uit van de ”Vereeniging tot uitbreiding van het Evangelie onder de Chineezen” en van de ”Vereeniging tot bevordering der afschaffing van de slavernij”. Ook bezocht hij meermalen de vergaderingen van de Evangelische Alliantie en had hij vele contacten in het buitenland.

Vanaf 1863 tobde Koenen met zijn gezondheid. Een pijnlijke ziekte die alsmaar verergerde, maakte hem bij vlagen depressief. Hij zag zich genoodzaakt diverse functies neer te leggen.

Op 13 september 1874 overleed hij in zijn buitenhuis Buitenrust in Haarlem.

Joden in Nederland
Koenen heeft talrijke publicaties op zijn naam staan. Zijn ”Geschiedenis der Joden in Nederland” werd in 1843 bekroond door het Provinciaal Utrechtsch Genootschap. Deze studie telt ruim 500 bladzijden en behandelt breedvoerig de historie van de Joden. In de inleiding stelt Koenen: „De Christenheid moet de Joodse natie blijven beschouwen met opmerkzaamheid, met liefde, met geloof en hoop, dat zij eens verzameld en hersteld zal worden; en dat Jeruzalem niet langer door de volkeren vertreden zal worden.”

Verschillende personen en gebeurtenissen passeren in dit werk de revue. Koenen besteedt onder meer aandacht aan de opvattingen van Luther. Hij stelt dat de hervormer „voor en tegen de Joden heeft geschreven. Dit behoorde inderdaad tot de eigenaardige schijnstrijdigheden van de grote Hervormer. Meestal draagt men uitsluitend kennis van zijn geschrijf tegen het nakroost van Abraham.”

Koenen wil liever de andere kant van Luther belichten, als hij zegt dat men met de Joden vriendelijk moet omgaan en hen met verstand uit de Heilige Schrift moet onderwijzen. „Wij zijn vreemdelingen en aanverwanten, zij zijn broeders en bloedvrienden van onze Heere.”

Koenen geeft ook toe dat Luther zich later anders uitliet over dit volk: „Twintig jaar later sloeg Luther een geheel andere toon aan.” De Réveilman geeft hier de volgende reden voor: „Toen was het dat enige lieden te Wittenberg in de rabbijnse schriften smaak kregen en betoonden van een Joodse zuurdesem doortrokken te zijn. Hiertegen trok hij met al de kracht van zijn geest te velde en gaf dat scherpe geschrift uit ”Over de Joden en hunne leugenen”.” Koenen zelf vond het beter dat „De Christenheid blijft zien en biddend wacht op Hem, die alle dingen schoonmaakt op Zijn tijd, en die eens na het laatste strafgericht, Zijn land en Zijn volk volkomen verzoenen zal.”