Nadat de raad hun bezwaren tegen de aanleg van de lijn had verworpen, stapten ze naar het Europese Hof. Dat verwierp ook de meeste bezwaren, maar besloot tot nader onderzoek naar de bewering van de tegenstanders van de Betwuelijn dat de Raad van State niet onafhankelijk is.

Volgens de klagers komt dit door de twee verschillende staatsrechtelijke functies van de Raad van State. Het rechtscollege adviseert de regering over wetsvoorstellen, maar is ook de hoogste administratieve rechter in geschillen tussen de overheid en burgers. Deze dubbelrol van adviseur en rechtspreker is volgens de klagers in strijd met artikel 6 van het Europees verdrag voor de Rechten van de Mens dat iedere burger verzekert van rechtspraak door een onpartijdige rechter.

De Luxemburgse Raad van State kent eenzelfde dubbelfunctie als in Nederland. Om die reden bekritiseerde het Europese Hof in 1995 in de zogenoemde Procola-zaak, die was aangekaart door een coöperatie van boeren. Het Hof oordeelde dat er sprake was van structureel gebrek aan onpartijdigheid in deze zaak.

Mr. P. van Dijk, voorzitter van de afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State zei onlangs in de Staatscourant dat hij de beslissing van het hof met veel vertrouwen tegemoet ziet. Hij vindt dat de Raad van State goed functioneert en dat het niet efficiënt zou zijn om een ingrijpende wijziging aan te brengen in het Nederlandse stelsel.