In een verklaring zegt Garzon zich bevoegd te achten om de executie of verdwijning van tienduizenden mensen tijdens de burgeroorlog van 1936-1939 en het Francobewind te onderzoeken. Het is het eerste officiële onderzoek naar dit zwarte hoofdstuk in de Spaanse geschiedenis.Ongeveer een half miljoen mensen kwamen tijdens de burgeroorlog om het leven en beide kanten, de aanhangers van Franco die streden tegen de Republikeinse regering en de aanhangers van die regering, pleegden gruweldaden tegen de burgerbevolking.

De rechter is onder meer bekend van aanklachten wegens misdaden tegen de menselijkheid en terrorisme tegen figuren als de Chileense dictator Augusto Pinochet en al-Qaidaleider Osama bin Laden. In zijn onderzoek naar de Spaanse Burgeroorlog wil hij zich vooral richten op de mensen die door het bewind van Franco zijn vermoord.

Volgens Garzon voerde het regime van Franco tijdens de burgeroorlog een systematische campagne om opponenten uit de weg te ruimen en hun lichamen te verbergen. Dit biedt voldoende grond voor een rechtszaak wegens misdaden tegen de menselijkheid, meent hij. Franco en 34 andere generaals en leden van zijn regering zouden de aanstichters van deze campagne zijn geweest.

De rechter heeft voor zijn onderzoek hun overlijdensakten opgeëist om te kunnen verklaren dat zij, omdat zij overleden zijn, niet strafrechtelijk vervolgd kunnen worden voor de gruweldaden. Ook heeft Garzon het ministerie van Binnenlandse Zaken gevraagd leden van de Falange Espanola, de politieke partij die geassocieerd wordt met het regime van Franco, te identificeren om te bepalen of zij aangeklaagd kunnen worden of, in het geval ook zij overleden zijn, te verklaren dat zij niet langer strafrechtelijk vervolgd kunnen worden.

Daarnaast wil Garzon dat negentien graven worden opengelegd, waaronder een waarvan wordt aangenomen dat Federico Garcia Lorca daarin ligt begraven. Garcia Lorca wordt wel gezien als de grootste Spaanse dichter van de twintigste eeuw. Hij werd in de eerste dagen van de burgeroorlog geëxecuteerd.