De vleugelkleppen zijn beweegbare delen aan de achterkant van de vleugel, die opstijgen van het vliegtuig mogelijk maken, zodra ze zijn uitgeklapt. Uit gegevens van de zwarte dozen is gebleken dat de kleppen niet waren uitgeklapt. Normaal gesproken moet in zo’n geval een alarm afgaan in de cockpit, maar dat gebeurde niet. De piloten zetten de procedure voor het opstijgen door, waarop het toestel neerstortte.Het is nog niet helemaal duidelijk waarom de kleppen niet zijn uitgeklapt en waarom het alarmeringssysteem zijn werk niet deed. Dit kan zijn veroorzaakt door een technisch probleem, maar het kan ook zijn dat de piloten zijn vergeten de kleppen uit te klappen. De onderzoekers proberen te achterhalen of de bemanning van het toestel tekenen van stress vertoonde of afgeleid overkwam voordat ze aan boord ging.

Met de twee motoren van de McDonnel Douglas MD82 van luchtvaartmaatschappij Spanair was in elk geval niets mis. Het met vakantiegangers gevulde toestel, op weg naar de Canarische eilanden, kwam op 20 augustus slechts een stukje van de grond, viel naar beneden, stuiterde en schuurde ongeveer 1200 meter over de baan voordat het in een vuurzee werd vernietigd.

Woordvoerders van Spanair en het Spaanse onderzoeksteam weigerden commentaar te geven op de uitgelekte onderzoeksgegevens.