De ruïne van het Enserkerkje vormt volgens het Flevo-landschap het oudste zichtbare bewijs dat er rond de veertiende eeuw mensen op Schokland hebben gewoond. Vanaf 1717 werden er geen diensten meer gehouden in het kerkje, maar het gebouw bleef tot in 1859 wel in gebruik als begraafplaats. In dat jaar liet de toenmalige koning Willem III het eilandje in de Zuiderzee ontruimen, omdat zware stormen en landafslag het leven er vrijwel onmogelijk maakten.

Pas bij het droogvallen van de gemeente Noordoostpolder, zestig jaar geleden, kwam Schokland weer boven water. Unesco zette het natuurgebied in 1995 op de lijst van werelderfgoederen en sindsdien probeert het Flevo-landschap de cultuurhistorische waarden op het voormalige eiland te herstellen. In het geval van de kerkruïne, die uit elkaar dreigde te vallen, viel de keuze op conservering van de huidige situatie. Het kerkje zal dus niet opnieuw worden opgebouwd.

Wanneer de restauratie van de ruïne is voltooid, krijgen de botten van een aantal oude Schokkers een plek in het midden van de bezienswaardigheid. De beenderen werden tijdens de inpoldering van de Noordoostpolder gevonden en gingen naar wetenschappers. Die lieten de botten echter liggen, waarna ze in de opslagruimte van het AMC in Amsterdam bijna in de vergetelheid raakten. De botten zouden vorig jaar al worden herbegraven op Schokland, maar de stichting besloot eerst de restauratie van de kerkruïne uit te voeren.