Doordat de dieren van bioboeren vaak buiten lopen, hebben ze meer contact met de omgeving dan dieren in de intensieve veehouderij. Volgens het rapport stijgt hierdoor het risico op infecties die door contact met buitenmilieu en wild worden overgedragen.Het RIVM noemt in het rapport nog een aantal andere oorzaken van het grotere risico op de verspreiding van infectieziekten. Zo zou het toenemend gebruik van antibiotica in de veehouderij dieren resistent maken tegen bepaalde ziekten. Infecties zoals de MRSA-bacterie kunnen zo via voedsel of direct contact bij de mens terechtkomen.

Ook de verbreding van de veehouderij met andere activiteiten, zoals zorgboerderijen of boerencampings, brengt een verhoogd risico met zich mee. Doordat het contact tussen mens en dier toeneemt, kunnen sneller infecties plaatsvinden.