Zondag vroeg de paus in een gebed op Ground Zero om het eeuwige licht en de eeuwige vrede voor alle slachtoffers van 11 september 2001. Hij stond niet alleen stil bij de slachtoffers in New York maar ook die van de aanval op het Pentagon in Washington en die van vlucht 93 van United Airlines die op die dag bij een poging kapers te overmeesteren crashten in Pennsylvania.„God van de vrede, breng uw vrede op onze gewelddadige wereld, vrede in de harten van mannen en vrouwen, en vrede tussen de naties op Aarde. Wend uw liefde aan voor diegenen wier hart wordt verteerd door haat", ging hij verder.

Het was vooral deze laatste frase die voorafgaand aan het bezoek aan Ground Zero wat stof deed opwaaien. Voor sommigen was het een te directe verwijzing naar de kapers, voor wie niet zou moeten worden gebeden. Volgens het Vaticaan heeft de paus wel eerder in het verleden radicalen opgeroepen geweld af te zweren en vreedzame middelen te gebuiken.

Eerder zondag sprak Benedictus voor het eerst openhartig over zijn jeugd in nazi–Duitsland. Tegenover een menigte van 30.000 jongeren veroordeelde hij het monster van het nazisme. „Mijn eigen jaren als tiener zijn bedorven door een boosaardig regime dat dacht alle antwoorden te hebben. Zijn invloed groeide en drong door in de scholen en burgerlijke instellingen, in de politiek en zelfs de godsdienst voordat het werd herkend als een monster", aldus de paus.

De 81–jarige Benedictus riep op dankbaar te zijn voor de verworven vrijheid, de verspreiding van democratie en respect voor de rechten van de mens. Hij zei verder oog te hebben voor de problemen waarmee jongeren tegenwoordig te maken hebben, zoals racisme, geweld en armoede. Hij waarschuwde zijn toehoorders voor de verleidingen van drugs, alcoholmisbruik en materialisme en raadde aan te zoeken naar de waarheid.

Een belangrijk deel van zijn bezoek aan de Verenigde Staten stond in het teken van de seksschandalen die al jaren de Rooms Katholieke Kerk teisteren. In het vliegtuig naar de VS verklaarde hij al dat hij zich „diep schaamt" over het seksueel misbruik van jongeren door priesters. Hij zal er alles aan doen om te voorkomen dat pedofielen priester of diaken kunnen worden.

Zaterdag riep hij de Amerikaanse Rooms–Katholieke Kerk op tot een „reiniging." „Ik moedig jullie ook aan om samen te werken met jullie bisschoppen die doorgaan met werken om de zaak op te lossen", zei Benedictus tegen priesters, diakens en leden van de religieuze ordes die in de kathedraal zaten. Twee dagen eerder had hij nog persoonlijk gesproken met slachtoffers. De openbare boetedoeningen van Benedictus hebben indruk gemaakt in de VS.