Een voorstel van die strekking is volgens een persbericht van de SoW-kerken opgenomen in de overgangsbepalingen waarover de triosynode spreekt van 21 tot 23 november 2002. Het is de bedoeling dat de commissies kerkeigen zijn georganiseerd: er is een speciale commissie voor de gereformeerde kerken, één voor de hervormde gemeenten en één voor de lutherse gemeenten. De commissie neemt haar werkzaamheden ter hand op het moment dat de feiten of omstandigheden daartoe aanleiding geven of wanneer een kerkenraad of het breed moderamen van een meerdere ambtelijke vergadering daartoe een verzoek heeft gedaan.

De commissie treedt in contact met de kerkenraad wanneer de band tussen een aanzienlijk deel van de gemeenteleden en de beoogde Protestantse Kerk in Nederland verbroken dreigt te worden, of als een aanzienlijk deel van de ambtsdragers niet bereid is het ambt te blijven vervullen binnen de gemeente op het moment dat het protestantse kerkrecht van toepassing is geworden. De commissie kan ook onderzoeken of er mogelijkheden zijn om aan de bezwaren tegemoet te komen.

Indien het gesprek niet tot resultaten leidt, is er een verschillend vervolg, aldus het persbericht. „Dit hangt samen met het feit dat hervormde en lutherse gemeenten niet kunnen uittreden uit de kerk, terwijl gereformeerde kerkenraden onder de huidige kerkorde kunnen besluiten over de plaats van de gereformeerde kerk in het kerkverband.”

Indien een aanzienlijk deel van een hervormde of lutherse gemeente de band met de kerk wil verbreken, treft de hervormde respectievelijk de evangelisch-lutherse commissie maatregelen die nodig zijn voor het voortbestaan van de hervormde respectievelijk evangelisch-lutherse gemeente die deel blijft uitmaken van de verenigde kerk. De overgangsbepaling zegt dat daarbij „ook rekening gehouden moet worden met hen die zich (willen) losmaken van de kerk en overgaan tot de vorming van een nieuwe kerkgemeenschap.”

Indien de gereformeerde kerkenraad van oordeel is niet langer binnen de kerk te kunnen blijven, geldt voor hen de speciale gereformeerde overgangsbepaling waardoor de kerkenraad gedurende vijf jaar zelf (gehoord de gemeente) kan besluiten de gereformeerde kerk buiten de kerk te plaatsen.

Naast deze commissie, die tot taak heeft samenbindend op te treden, stelt de werkgroep kerkorde een commissie van overgang voor. Deze commissie wordt in het leven geroepen om maatregelen te nemen in die situaties waarin de regelgeving niet voorziet. „Het spreekt vanzelf dat ambtelijke vergaderingen en organen bij het treffen van de vereiste maatregelen wel eens op een punt stuiten dat in de overgangsbepalingen niet is voorzien en waar men zelf ook niet uit goed kan komen. Het kan zijn dat in het algemeen wel een regeling is gegeven, maar dat deze in een concrete situatie niet (goed) toe te passen is. Ook is het niet ondenkbaar dat in de bepalingen van de kerkorde en de ordinanties zelf op een bepaald punt een leemte in de regelgeving blijkt te bestaan of, omgekeerd, dat een bepaalde regeling te strak blijkt te zijn”, aldus de werkgroep kerkorde.