In de overgangsbepalingen worden regelingen gegeven met betrekking tot de zaken die deze twee vergaderingen gezamenlijk moeten doen. Indien er twee classicale vergaderingen blijven, kunnen verenigde (wijk)gemeenten, gefedereerde (wijk)gemeenten en evangelisch-lutherse gemeenten zelf aangeven tot welke classicale vergadering zij willen behoren. De (wijk)kerkenraden krijgen, aldus een persbericht van de SoW-kerken, tijdig bericht welk ambt hun afgevaardigde naar de classicale vergadering dient te hebben.

In een classis met een gefedereerde classicale vergadering dan wel met een samenwerkende classicale vergadering die daarom verzoekt, wordt een nieuwe classis met een classicale vergadering gevormd.

De overgangsbepalingen gaan ervan uit dat het verenigingsbesluit wordt genomen op 13 december 2003. Daarna krijgen de kerken tot 30 april 2004 de tijd om de gewenste aanpassingen te maken. Op die datum vervallen de huidige kerkorden en vanaf 1 mei 2004 geldt de nieuwe kerkorde. De overgangsbepalingen geven daarbij antwoord op de vraag hoe de kerken de noodzakelijke aanpassingen kunnen voorbereiden, zodat de invoering van de nieuwe regelingen soepel kan verlopen.