Sije Kooistra werd geboren op 19 april 1919 te Birdaard. Hij studeerde theologie te Leiden en Utrecht en werd in 1945 hervormd predikant te Beerzerveld. Vervolgens stond hij in St. Annaparochie (1947), Welsrijp (1950), Puttershoek (1958), Lisse (1963), Delfshaven (1968) en Menaldum (1975). In 1984 ging ds. Kooistra met emeritaat.Ds. Kooistra kreeg in de Nederlands Hervormde kerk grote bekendheid, onder meer door zijn werk voor de Confessionele Vereniging en de vele jaren dat hij als synodelid actief was. Ook was hij gedurende een groot aantal jaren eindredacteur van het Hervormd Weekblad (nu Confessioneel).

In 2004 werd ds. Kooistra getroffen door een herseninfarct. Sindsdien woonde hij in verpleeghuis Randerode te Apeldoorn.