De historicus dr. L. de Jong noemt in zijn standaardwerk over de Tweede Wereldoorlog Scheepstra „een boom van een kerel, sterk als een beer, maar (wat belangrijker was) een man wiens durf gekoppeld was aan een zeldzame bezonkenheid van oordeel.” Dat laatste was -gelet op zijn leeftijd- vooral opvallend. Bob Scheepstra was nog maar 24 jaar oud toen hij in 1943 aantrad als een van de leiders van de LKP.

Deze nieuwe verzetsorganisatie was bedoeld om de wildgroei van plaatselijke verzetsgroepen te kanaliseren en -vooral- om te zorgen voor voldoende bonkaarten en persoonsbewijzen voor de sterk groeiende groep onderduikers. Scheepstra wilde meer. Hij zag het als taak van zijn organisatie de illegaliteit in haar geheel te beschermen, een standpunt dat niet door iedereen werd gedragen. Met voortvarendheid organiseerde hij in Oost-Nederland het verzet, daarbij na korte tijd onder meer geassisteerd door bekende verzetsmensen als Johannes Post en Theo Dobben.

Vooral vanwege zijn rustig, weloverwogen handelen genoot Scheepstra binnen de LKP groot gezag. Ook al was de leiding van de organisatie vanaf 1944 officieel in handen van M. W. Rombout, de lkp’ers beschouwden Bob als hun echte commandant. Om zijn verzetsactiviteiten zaten de Duitsers hem voortdurend op de hielen. Eind 1944 was hij de enige leider van de LKP die nog op vrije voeten was. En hij bleef dat tot het eind van de oorlog.

Scheepstra was het brein achter de bevrijding van ds. F. Slomp, in de oorlog bekend als ”Frits de Zwerver”. Ds. Slomp werd op 1 mei 1944 in Ruurlo gearresteerd en overgebracht naar de koepelgevangenis in Arnhem. Scheepstra organiseerde een gevangeniskraak. Twee verzetslieden brachten op 11 mei als marechaussee verkleed een pseudo-arrestant op naar De Koepel. Eenmaal binnengelaten, overmeesterden ze de bewakers, sloten hen op en bevrijdden de gevangen verzetslieden. Een maand later voerde Scheepstra met zijn kp’ers een tweede, vergelijkbare actie uit bij het huis van bewaring in Arnhem. Vanaf de zomer van 1944 was hij vooral druk met spoorwegsabotage, waardoor het logistieke apparaat van de Duitsers een gevoelige klap kreeg.

Voor zijn verzetswerk kreeg Bob van de LKP de Militaire Willemsorde. Aanvankelijke weigerde Scheepstra die te aanvaarden. „Ik heb niet meer gedaan dan mijn plicht en ik ben er goed van afgekomen”, stelde hij nuchter vast. Koningin Wilhelmina kreeg hem zover dat hij de onderscheiding accepteerde. De oud-verzetsman had wel bedongen dat de vorstin zelf ook de onderscheiding in ontvangst nam.

Het Koninklijk Besluit waarmee Scheepstra de ridderorde werd toegekend, meldt dat hij „door zijn daden heeft getoond een der moedigste en meest vooraanstaande leiders der Knokploegen te zijn geweest en deze daardoor voortdurend heeft weten te bezielen tot het brengen van de hoogste offers.”

In 1965 was Scheepstra een van de oud-verzetsmensen die Kasteel Drakestein bezochten om prinses Beatrix en haar aanstaande echtgenoot te laten weten dat er bij hen bezwaren bestonden tegen het voorgenomen huwelijk. „Maar toch blijf ik trouw aan Oranje”, vertelde hij na afloop van het gesprek. Als overtuigd gereformeerde geloofde hij stellig in de onverbrekelijke band tussen God, Nederland en Oranje.

Scheepstra wordt zaterdag op Schiermonnikoog begraven.