Het eerder terugtrekken van de Nederlandse troepen uit Afghanistan noemde hij uitgesloten. Ook vindt hij dat Nederland eerst moet proberen via stille diplomatie de invoering van de amnestatiewet te verhinderen. Met deze wet zouden oorlogsmisdadigers worden uitgesloten van rechtsvervolging. Dat is voor Van Baalen niet acceptabel.Het CDA vindt Van Baalen te kort door de bocht gaan door nu al te roepen dat Nederland de hulp moet verminderen. CDA–Tweede Kamerlid Karien van Gennip vindt ook dat oorlogsmisdadigers moeten worden berecht. „Dat vinden ze in Afghanistan zelf ook."

Ze wijst erop dat het land probeert in het reine te komen met zijn gewelddadige verleden en dat de amnestieregeling een onderdeel is van dat proces. „Maar de wet is nog niet ondertekend. We moeten de ontwikkelingen scherp in de gaten houden". Van Gennip vindt het beter om met Afghanistan samen te werken om tot een oplossing te komen.

Ook de Nederlandse ministers Maxime Verhagen (Buitenlandse Zaken) en Bert Koenders (Ontwikkelingssamenwerking) hebben onlangs tijdens hun reis naar Afghanistan bij president Hamid Karzai hun zorgen geuit over de ophanden zijnde wet. Zij verbonden daar geen concrete gevolgen aan.

Verhagen is momenteel op kennismakingsbezoek in Washington waar hij een gesprek heeft gevoerd met zijn Amerikaanse collega Condolleeza Rice. Zij legde opnieuw de wens voor dat Nederland ook na augustus 2008 in Afghanistan blijft. Verhagen heeft haar gemeld dat het kabinet in de zomer een besluit zal nemen of en eventueel hoe de Nederlandse militairen langer in Uruzgan blijven. Hij schreef dat onlangs al in een brief aan de Tweede Kamer.

De legerleiding en het vorige kabinet hadden al aangegeven dat de capaciteit van de krijgsmacht door de Afghaanse missie in deze vorm onder druk zal komen te staan.