De organisatie was in handen van de theologische faculteit van de Leidse universiteit. Invalshoeken waren de experimenten, overal in Europa, met academische opleidingen voor islamitische geestelijken, de gevolgen voor de academische vrijheid van gebeurtenissen als de aanslagen van 11 september 2001, de Deense cartooncrisis, het vrije onderzoek naar ”heilige boeken”, en de relatie tussen natuurwetenschap en religie (zoals deze tot uiting komt in het debat rond Intelligent Design).De directe aanleiding voor de conferentie waren echter niet deze mondiale ontwikkelingen, maar de start -dit studiejaar- van de opleiding islamitische theologie aan de Universiteit Leiden. Tal van moslims waren aanwezig.

De nieuwe Leidse opleiding islamitische theologie is geen imamopleiding, maar een theologische opleiding analoog aan de traditionele universitaire theologieopleiding voor predikant.

De bedoeling is dat islamitische organisaties hetzelfde gaan doen als de kerken binnen het oude systeem van de ”duplex ordo”: academie en kerk hebben beide hun eigen domein en verantwoordelijkheid, waardoor zowel academische als religieuze vrijheid zijn gewaarborgd.

Galilei
De Leidse faculteit had een keur aan internationale sprekers uitgenodigd, zoals Berkeley-historicus prof. Beshara Doumani, auteur van het boek ”Academic Freedom after 9/11”; dr. Mustafa Ceric, de grootmoefti van Bosnië-Herzegovina, Tim Jensen, de Deense islamwetenschapper die vorig jaar hoofdrolspeler werd in de publiciteitsgolf rond de Deense cartoonkwestie, en de Amerikaanse hoogleraar Ernan McMullin, autoriteit waar het gaat om de Italiaanse natuurkundige Galileï.

Laatstgenoemde was adviseur van paus Johannes Paulus II en speelde een rol bij de theologische rehabilitatie van Galilei. In zijn lezing wees hij erop dat de aantasting van de academische vrijheid teruggaat tot de gifbeker voor Sokrates. Deze zou de jeugd hebben willen verleiden door hen af te trekken van de goden.

Het klassieke voorbeeld van wetenschappelijke censuur is echter de kwestie-Galilei. De Italiaanse natuurwetenschapper werd door de Rooms-Katholieke Kerk in de ban gedaan omdat hij weigerde het copernicaanse wereldbeeld (gestoeld op de overtuiging dat de aarde om de zon draait) te veroordelen. Zijn werken werden in 1616 op de (pauselijke) index van verboden boeken geplaatst.

McMullin liet zien hoe het proces tegen Galilei zestien jaar later niet ging om diens boeken, maar om de weigering om toe te geven aan het kerkelijk gebod het copernicaanse wereldbeeld af te zweren. De ban werd in latere eeuwen een dode letter. De werken van Galilei bleven tot 1835 op de index staan, terwijl de index zelf in 1965 officieel werd afgeschaft. McMullin: „Het is de vraag of de index ooit effectief is geweest in het bereiken van zijn doeleinden.”

Intelligent Design
De Leidse godsdienstwijsgeer prof. dr. Willem Drees ging in op de verhouding tussen evolutie en Intelligent Design (ID). De overheid mag geen speciale voorrechten geven aan de ene religieuze groep ten koste van de andere, zo stelde hij. „Het opnemen van ID in het curriculum zou een particuliere vorm van monotheïsme bevorderen ten koste van andere geloofsrichtingen. De discussie tussen evolutie en ID is een controverse binnen de godsdienstige gemeenschappen zelf. Als ID een alternatieve wetenschap in opkomst is, is er geen bijzondere reden om er extra aandacht aan te geven in het curriculum van scholen.”

Prof. dr. H. J. de Jonge, emeritus hoogleraar Nieuwe Testament in Leiden, paste de academische vrijheid toe op de bijbelwetenschappen. „De bijbelwetenschap kan niet de visie van een godsdienstige gemeenschap tot richtlijn nemen voor de interpretatie van Bijbelse teksten. Het resultaat zou dan een eindeloze hoeveelheid van wedijverende interpretaties zijn.”

De meest geëigende methode om heilige teksten te interpreteren is volgens De Jonge de historische methode. „Deze is op zoek naar de betekenis van teksten zonder daarbij godsdienstige interesses toe te laten. Dat beperkt ook de methode. De toepassing van de resultaten van deze methode is de verantwoordelijkheid van religieuze gemeenschappen, niet van de seculiere universiteit.”

Prof. dr. Nasr Hamid Abu Zayd uit Utrecht vertelde zijn levensgeschiedenis. Hij doceerde eerst in Caïro, waar zijn vrije interpretatie van de Koran en de islam leidde tot zijn ontslag. Hij werd tot „afvallige” verklaard. Omdat een afvallige ten dode was opgeschreven, werd ook zijn huwelijk wettelijk ontbonden. Abu Zayd sprak van „intellectueel terrorisme.” Hij vroeg in Nederland asiel aan, waar hij docent werd in Leiden en Utrecht.

Volgens historicus prof. Doumani staat de academische vrijheid in Amerika na de aanslagen van 2001 onder grote druk. De oorlog tegen het terrorisme door de regering van Bush heeft volgens hem geleid tot een ongeëvenaarde nadruk op nationale veiligheid. „Hij bezegelt de politieke triomf van evangelische en maatschappelijke fundamentalisten, militante nationalisten en neoconservatieven.”

Was in het verleden het nationale gevaar voor Amerika het communisme en het zwarte ras, nu is dat de islam, zo zei hij.

De academische vrijheid wordt vooral bedreigd op particuliere universiteiten waar kritiek op Amerika en Israël de carrière van docenten dwarsboomt en de inhoud van het onderwijs niet meer objectief maakt.

De huidige tendens is dat particuliere lobbyorgansiaties actief zijn op bijzondere (onderscheiden van openbare) universiteiten, wat leidt tot „commercialisering van de academische vrijheid.”