Het ATS-systeem (Automated Targeting System) werd aan het eind van de jaren negentig geïntroduceerd voor evaluatie van de gegevens van reizigers die vrijwillig aan Washington werden doorgegeven door luchtvaartmaatschappijen en rederijen die cruises organiseerden. Na de septemberaanslagen in 2001 werd medewerking verplicht en werd het systeem massaal toegepast op alle reizigers -Amerikaans staatsburger of buitenlander- die de VS binnenkomen of verlaten door de lucht, per schip, over de weg of per spoor.In het ATS-systeem worden gegevens bijgehouden over individuele reizen, reispatronen, waar mensen vandaan komen, hoe hun tickets zijn betaald (enkelereistickets zijn zeer verdacht), adressen, gegevens over rijgedrag (voor mensen die in de VS wonen), op welke stoelen zij in het vliegtuig wensen te zitten en wat voor voedsel zij daar (eventueel) prefereren. Waarschijnlijk verzamelt het ministerie ook bank- en kredietgegevens in het ATS-systeem

Niemand heeft het recht om zijn of haar ATS-dossier in te zien om te bekijken of daar eventueel onjuistheden in voorkomen. De gegevens zijn geheim en worden minstens 40 jaar lang opgeslagen. Het ATS-systeem werd onlangs openbaar door registratie in het zogeheten Federal Register, een lijst van overheidsorganisaties en overheidsreglementen. Sommige veiligheidsdeskundigen waren op de hoogte van het bestaan van het systeem, maar dachten dat het alleen gebruikt werd voor het screenen van vracht.