Het bezoek aan de moskee was op het laatste moment in het programma van het bezoek aan Turkije opgenomen, om de moslims tegemoet te komen. De relatie tussen Benedictus en de moslims kwam onder spanning te staan na het college dat de kerkleider in september in de Duitse stad Regensburg gaf. Daarin legde hij aan de hand van een citaat van een Byzantijnse keizer een verband tussen de islam en geweld. De paus betuigde zijn diepe spijt over het feit dat zijn woorden verkeerd waren begrepen, maar bood niet zijn excuses aan.Het streven naar eenheid tussen de Rooms-Katholieke Kerk en de orthodoxe kerken donderdag stond centraal op de derde dag van het bezoek van paus Benedictus XVI aan Turkije.

De paus zwoer in een orthodoxe dienst in Istanbul te blijven streven naar eenheid. Hij ondertekende met de orthodoxe patriarch Bartholoméüs I een verklaring waarin zij opkomen voor het recht van minderheden om hun godsdienstige tradities te bewaren.

In hun gezamenlijke verklaring legden Bartholoméüs en Benedictus vast dat eerbiediging van de vrijheid van godsdienst een criterium moet zijn voor toelating van een land tot de Europese Unie (EU). De christenen in Turkije, minder dan 1 procent van de bevolking, voelen zich gediscrimineerd. Zo is het hun niet toegestaan priesteropleidingen op te richten. Dinsdag zei Benedictus tot genoegen van de Turken te wensen dat Turkije lid van de EU wordt. Voor hij in april vorig jaar tot paus gekozen werd, had hij toetreding van het grotendeels islamitische land tot de EU nog afgewezen.

De paus toonde zich bereid tot een „broederlijke dialoog” met de orthodoxen over het pausambt. De uiteenlopende opvattingen over het gezag van de paus was een van de redenen van de breuk tussen Rome en Constantinopel in 1054.

Hoezeer de verzoenende woorden van Benedictus de afgelopen dagen ook bij de Turken in de smaak zijn gevallen, een uitlating van een woordvoerder van Buitenlandse Zaken toonde donderdag aan met hoeveel voetangels en klemmen zijn bezoek omringd is. De zegsman riep de paus op het patriarchaat van Constantinopel, dat in Istanbul is gevestigd, niet met de term ”oecumenisch” aan te duiden. Het woord, dat in het Grieks universeel betekent, zou een politieke bijklank hebben, die de Turkse soevereiniteit zou ondermijnen. De paus heeft tijdens zijn reis het woord oecumenisch één keer in een toespraak gebruikt.

Benedictus keert vrijdag weer terug naar Rome.