In zijn ontslagbrief aan Rice zegt Zelikow dat zijn besluit is ingegeven „door familiaire en professionele overwegingen.” Het is echter geen geheim dat Zelikow kritisch stond tegenover het beleid van de regering-Bush in het Midden-Oosten in het algemeen en Irak in het bijzonder.In zijn boek ”State of Denial” citeert Bob Woodward Zelikow. Na een bezoek aan Irak schrijft die in een vertrouwelijk memo aan Rice dat Washingtons Irakbeleid „een catastrofale mislukking” dreigt te worden. Hij pleitte ervoor veel meer energie te besteden aan de oplossing van het Israëlisch-Palestijnse conflict, dat hij beschouwt als het „cruciale probleem” in het Midden-Oosten.

Zelikow is verder voorstander van een dialoog met Iran, wat de regering-Bush tot nu toe vierkant van de hand wijst.