De hoogleraar wordt gezien als de grondlegger van de wiskundige fundamenten van de informatica in Nederland. Zijn ideeën over programmeren worden in vrijwel alle programmeertalen toegepast.

Naast verscheidene eredoctoraten ontving Dijkstra in 1972 de Turing Award van de Association of Computing Machinery (ACM), die te beschouwen is als de Nobelprijs voor de informatica. In Nederland werkte hij bij het Mathematisch Centrum in Amsterdam (1952-1962), de voorloper van het CWI, en aan de Technische Universiteit Eindhoven, waar hij van 1962 tot 1984 (buitengewoon) hoogleraar was. In de jaren ’70 ging hij naar de Verenigde Staten, waar hij onderzoeker werd bij automatiseringsbedrijf Burroughs. Van 1984 tot zijn pensioen in 1999 was hij verbonden aan de University of Austin in de Amerikaanse staat Texas.

Dijkstra begon zijn loopbaan in de jaren ’50 bij het Mathematisch Centrum, waar hij programma’s schreef voor de computers die het centrum bouwde. Deze werden gebruikt bij het ontwerp van de Deltawerken en bij de ontwikkeling van het vliegtuig de Fokker Friendship, waarvoor de bewegingen van de vleugels berekend moesten worden.

Tot Dijkstra’s bekendste vindingen behoort het zogenoemde ”kortste pad algoritme”, waarmee de kortste route kan worden berekend tussen een willekeurig aantal punten. Deze formule uit 1956 wordt nog steeds gebruikt voor de ontwikkeling van communicatienetwerken en routeplanning. Zijn begrip ”wederzijdse uitsluiting” (mutual exclusion) was een belangrijke vinding voor de chiptechnologie: het zorgde ervoor dat belangrijke rekentaken niet door andere verstoord konden worden.