Het onderzoek zal onder meer antwoord moeten geven op de vraag of betrokken partijen mogelijkheden hadden om het vertrek van de Probo Koala uit Amsterdam te verhinderen. Ook moet het onderzoek verduidelijken of er aanpassingen nodig zijn in de bestaande wet– en regelgeving om te voorkomen dat schepen met gevaarlijke afvalstoffen aan boord vertrekken, zonder dat verantwoorde verwerking van het afval is gegarandeerd. Verder wordt onderzocht of verbeteringen mogelijk zijn in de werkwijze van de betrokken Amsterdamse diensten.Amsterdam benadrukt dat het onderzoek los staat van het strafrechtelijk onderzoek dat het Openbaar Ministerie op dit moment uitvoert.