Rajapakse kreeg 50,29 procent van de stemmen, Wickremesinghe 48,48 procent. De overige stemmen waren verdeeld over de elf andere kandidaten. De opkomst bedroeg 75 procent. De Verenigde Nationale Partij van Wickremesinghe eist dat de verkiezingen in delen van het noorden, waar veel kiezers thuisbleven, worden overgedaan.In het westen en oosten van het land verliepen de verkiezingen soepel, maar in het gedeeltelijk door Tamilrebellen beheerste noorden en oosten hielden intimidatie en wegversperringen veel kiezers weg van de stembus. Ook gaven veel kiezers gehoor aan een oproep de verkiezingen te boycotten omdat geen van beide kandidaten een eigen staat voor de Tamils in het noordoosten dichterbij zou helpen brengen. Omdat hij hun meer tegemoet wil komen dan Rajapakse genoot Wickremesinghe onder de Tamils, die iets minder dan 20 procent van de bevolking vormen, de meeste steun.

Net zoals hij dat in zijn verkiezingscampagne deed zei Rajapakse nadat de uitslag bekend was geworden dat hij door zelf met de leider van de Tamilrebellengroep LTTE te gaan onderhandelen een eind wil maken aan de al ruim twintig jaar durende burgeroorlog. Dat klinkt mooi, maar feit is dat rebellenleider Velupillai Prabhakaran buiten zijn naaste vertrouwelingen vrijwel niemand ziet en zich slechts één keer per jaar in het openbaar laat zien, bij de herdenking van gesneuvelde rebellen.

Uit veiligheidsoverwegingen moesten de 200.0000 kiezers die in door de rebellen beheerst gebied wonen hun stem uitbrengen in stembureaus aan de rand van die gebieden. Intimidatie en door de rebellen opgeworpen wegversperringen hielden de meeste van deze kiezers echter thuis. In en rond de Tamilstad Jaffna bracht nog niet eens 1 procent van de kiezers zijn stem uit, de laagste opkomst ooit.

Verkiezingswaarnemers van de Europese Unie zagen zich door granaataanvallen gedwongen zich terug te trekken uit de oostelijke stad Batticaloa. In het district Batticaloa was de opkomst 43 procent, tegen 70 procent bij de vorige presidentsverkiezingen.

Rajapakse, die vrijdag 60 jaar werd, zegt de Tamilrebellen geen politieke macht te zullen geven. Ook is hij tegen het delen van tsunamihulp met de LTTE. Volgens hem kan alleen een harde opstelling voor vrede zorgen, een standpunt dat hem brede steun onder de Singalese meerderheid heeft opgeleverd. Over het geld voor hulp aan de slachtoffers van de tsunami van eind vorig jaar en de wederopbouw van het getroffen gebied zei Rajapakse: „We hebben een overheid, dit is de taak van het overheidsapparaat, dus laat het overheidsapparaat zijn werk doen.”

Wickremesinghe sloot in 2002, toen hij premier was, een bestand met de Tamilrebellen, dat nog altijd van kracht is. Het vredesoverleg dat kort na het ingaan van het bestand van start ging liep echter al snel vast.