Volgens het hoofd van de Ugandese politie heeft Besigye in het openbaar het gebruik van geweld gerechtvaardigd. Ook zou hij verzuimd hebben zich uit te spreken tegen gewapende rebellie. Als hij schuldig wordt verklaard, kan de oppositieleider, die gezien wordt als Museveni’s belangrijkste rivaal bij de eerstvolgende verkiezingen, de doodstraf krijgen.Behalve van hoogverraad wordt Begigye ook beticht van verkrachting. Dat zou gebeurd zijn in november 1997 in een buitenwijk van de hoofdstad Kampala. Verder zou de oppositieleider volgens de aanklacht banden hebben met de rebellenbewegingen PRA en LRA.

Besigye verloor in de omstreden presidentsverkiezingen in 2001 van Museveni. De president, die het Afrikaanse land al negentien jaar regeert, beschuldigde zijn voormalige arts en bondgenoot vervolgens van het beramen van een coup. Besigye nam daarop de wijk naar Zuid–Afrika.

Na Besiyes arrestatie gingen in Kampala duizenden van zijn aanhangers de straat op. Zij richtten vernielingen aan en bekogelden de politie met stenen. Een man werd doodgeschoten, volgens de politie toen agenten hem ervan wilden weerhouden een winkelcentrum te plunderen.