De technische recherche vond in de trein en in de persoonlijke spullen van de twee mannen geen verdachte zaken. Ze kwamen daarop rond 20.00 uur weer vrij. De politie beschouwt ze niet langer als verdachten. De sporen op het Centraal Station werden meteen na het onderzoek weer vrijgegeven.Oplettende passagiers hadden de politie gebeld, omdat zij verdachte omstandigheden zagen, aldus een woordvoerder. Op last van de politie kwam het treinverkeer ten oosten van Amsterdam CS enige tijd stil te liggen. Agenten voerden de twee gemaskerd af in auto’s van het arrestatieteam. De reizigers die zich nog in de trein bevonden, konden het voertuig daarna ook verlaten. Ze werden met bussen weggebracht.

De politie stokte om 15.45 uur het treinverkeer ten oosten van Amsterdam CS, nadat de mannen in de ICE–trein uit Frankfurt waren gesignaleerd. Deze trein werd bij wetenschapscentrum Nemo, net buiten het station, stilgezet.

Volgens de politie was wel degelijk sprake van verdachte omstandigheden, omdat de mannen bagage aan elkaar overgaven en zich daarmee door de trein verplaatsten. Ze bezochten meerdere malen, apart of tegelijkertijd, het toilet. Wat de verklaring van dit opmerkelijke gedrag was, kon de zegsman niet zeggen.

Een ooggetuige verklaarde in de coupé te hebben gezeten met de twee mannen toen de trein kwam stil te staan. De twee Arabisch uitziende mannen spraken volgens hem goed Nederlands en hadden twee rugzakken bij zich. Volgens de ooggetuige werd in de trein omgeroepen dat er een technische storing was. Hij noemde de twee „dom" omdat, mochten zij iets van plan zijn geweest, ze heel herkenbaar waren als vermeende terroristen.

Het incident veroorzaakte grote vertragingen in de treinenloop, onder andere richting Utrecht en Amersfoort. Perrons kwamen bomvol mensen te staan, omdat ritten uitvielen. Dat zorgde voor soms chaotische taferelen. Volgens ooggetuigen konden treinen niet verder, aangezien deuren niet dichtkonden door de drukte. Volgens ProRail reden de treinen rond 21.00 uur weer normaal.

De Nationaal Coördinator Terrorismebestrijding (NCTb) is op de hoogte gebracht van de arrestaties, maar is volgens een woordvoerder niet bij de zaak betrokken. Het incident leidde niet tot extra veiligheidsmaatregelen. Sinds 9 september is er wegens een lichte dreiging al sprake van verscherpt toezicht op de trein– en metrostations.

De politie benadrukte dat het goed is dat passagiers in dit soort situaties alarm slaan. „Dat vragen we ook van mensen. Dit gedrag was anders dan normaal. ", aldus de zegsman.