Ook hoogleraar genetica en columnist R. Plasterk bekritiseert de uitlating van de bewindsvrouw. Hij laakt haar vermogen om kerk en staat te scheiden. Van der Hoeven toonde eerder interesse in Intelligent Design (ID), een Amerikaanse stroming die een bewust ontwerp vermoedt achter het leven op aarde. Van der Hoeven zei op haar weblog niet in toeval te geloven. Plasterk vindt deze uitspraak „een beetje gek”, zei hij in het Radio 1 Journaal.

Vanuit de politiek zijn ook kritische geluiden te horen. Kamerlid Kraneveldt (LPF) vraagt zich af of Van der Hoeven het als haar taak ziet de ’ID–gedachte’ door te laten klinken in het onderwijs. Als dat het geval is, dan is de scheiding van kerk en staat in het geding.

Kamerlid Hamer (PvdA) wil weten hoe het protestants–christelijk onderwijs omgaat met de evolutietheorie. Op het protestants–christelijke Augustinus College in Groningen ontstond ruim een week geleden ophef over het doceren van de theorie. Rector P. Boon zei in een interview met Dagblad van het Noorden niet te tolereren dat een leraar voor de klas de theorie aanhangt.

Lambrechts, Tweede–Kamerlid namens D66, noemt de opmerking van minister Van der Hoeven „vijf stappen terug”. „Zes jaar geleden hebben wij afgesproken dat alle scholen de evolutietheorie zouden onderwijzen. De minister wekt op z’n minst de suggestie dat de ID–leer een gelijkwaardige leer is”.