De scriba van de Protestantse Kerk in Nederland, dr. B. Plaisier, denkt dat Johannes Paulus II herinnerd zal worden als een belangrijke paus uit de geschiedenis van de Rooms-Katholieke Kerk, „die getoond heeft een volgeling van Jezus Christus te willen zijn. Zijn sterke persoonlijkheid, zijn vaste overtuigingen en visie, maar ook zijn communicatieve vaardigheden hebben daar in belangrijke mate aan bijgedragen.” Volgens dr. Plaisier is het onbetwistbaar dat Johannes Paulus II een beslissende bijdrage heeft geleverd aan de Wende in Oost-Europa, allereerst in zijn vaderland Polen. „Hij is daarom te kenschetsen als een van de vernieuwers van het huidige Europa.” Teleurgesteld is dr. Plaisier over de oecumenische inspanningen van de paus. „Nog altijd heeft de Rooms-Katholieke Kerk op het hoogste niveau moeite om protestanten als gelijkwaardige partners te zien in de oecumene. Daar lag duidelijk niet de hoofdaandacht van de overleden paus.”

Ds. M. Golverdingen, lid van het moderamen van de Gereformeerde Gemeenten, zegt dat de paus een actief man was, die heeft geprobeerd om de Nederlandse kerkprovincie te reorganiseren. „Ook is hij echter de man die de Mariadevotie buitengewoon heeft gestimuleerd. Ik kan echter niet zeggen dat door zijn toedoen de kloof tussen Rome en de Reformatie kleiner is geworden. Zo heeft deze paus voorzover ik kan nagaan de kern van de leeruitspraken van Trente niet laten vallen.”

Drs. P. J. Vergunst, algemeen secretaris van de Gereformeerde Bond: „Een paus blijft een paus. Hoe sympathiek de reislustige Johannes Paulus II ook overkwam, hoe dicht bij de mensen hij als een herder wilde zijn, hoezeer hij zich ook inzette voor de menswaardigheid van het leven, geen sterfelijk mens kan op aarde plaatsbekleder van Christus zijn. Een paus is onze kerkvader niet. Dit overlijden stelt wel de vraag of wij ons vertrouwen stellen op het enige en volkomen offer van Jezus Christus. Dat is beslissend voor ons le ven, voor ons kerkzijn.”

Ds. J. Westerink, synodevoorzitter van de Christelijke Gereformeerde Kerken, heeft „de laatste tijd veel medelijden met de paus gehad, omdat ik het gevoel had dat hij dienst moest doen als een soort levende relikwie. Nu hij gestorven is, wordt dat lijden hem verder bespaard. Als hij sterft, zal hij echter ook voor de Rechter moeten verschijnen. Men is alleen behouden wanneer men als arme zondaar schuilt achter het bloed van het Lam. Dat geldt ook voor de paus. Ik ben de paus dankbaar voor de manier waarop hij zich uitliet in allerlei ethische kwesties. Helaas was hij echter een groot aanhanger van de Mariaverering. Daarmee deed hij tekort aan het grote zaligmakende werk van de Heere Jezus.”

De voorzitter van de synode van de Hersteld Hervormde Kerk, ds. D. Heemskerk, stelt dat de paus het hoofd van een kerk was waar het „alzo spreekt de Heere” niet centraal staat. „En dat moet toch de hoofdzaak zijn voor een kerk. Ook voor de paus kwam, net als voor ons allen, de dag waarop hij zich moest verantwoorden voor de grote Rechter van hemel en aarde.”

Ook voormannen van verschillende organisaties geven hun reacties op het overlijden van de paus. T. Verboom, vi ce-voorzitter van de Vereniging Protestants Nederland, vindt dat de paus zich heeft doen kennen „als een integer, gevoelig en bewogen mens. Hij heeft ongetwijfeld veel voor de Rooms-Katholieke Kerk betekend omdat hij zich daar sterk voor heeft ingezet. Er zijn verschillen met de kerk van de Reformatie, maar op zijn manier heeft de paus denk ik toch iets laten zien van wat het volgen van Christus voor hem betekende. En het is mijn indruk dat hij ten diepste vertrouwde op het verzoenende werk van Christus.”

A. W. van Bragt, evangelist en officemanager bij de stichting In de Rechte Straat, zegt dat de paus een man was die de kerk in het oude spoor heeft weten te houden. „Hoewel hij een ontwikkeld man was, stond hij toch dicht bij het gewone kerkvolk en de jeugd. Zijn aandacht voor de Mariaverering was echter zeer groot. Ik heb daarom niet het idee dat de afstand tussen bijbelgetrouwe protestanten en de Rooms-Katholieke Kerk tijdens zijn pontificaat kleiner is geworden. Nu de paus gestorven is, hoop je dat hij de God ontmoet heeft die hij ook verwachtte te ontmoeten. Ook Karol Wojtyla moest persoonlijk als mens voor Gods rechterstoel verschijnen.”