Ter verdediging tegen de 66 aanklachten die het tribunaal tegen hem heeft ingediend, beweert Milosevic dat het Servische leger in Kosovo onder zijn bevel een legitieme strijd voerde tegen rebellen en terroristen. Het waren de NAVO-bombardementen die de meeste burgerslachtoffers en de meer dan een miljoen vluchtelingen tot gevolg hadden, aldus de beklaagde.

Het hof liet Milosevic weten dat hij tijd verspilde door de NAVO te beschuldigen. Onderzoekers van het tribunaal concludeerden in 2000 dat er onvoldoende bewijs is voor de beschuldiging dat de NAVO het gemunt had op burgerdoelwitten tijdens de 78 dagen durende bombardementen.

Rechtbankvoorzitter Patrick Robinson waarschuwde Milosevic dat hij de bombardementen alleen in het voorbij gaan mag noemen om aan te tonen dat hij niet verantwoordelijk was voor de Kosovaarse vluchtelingen. Hij mag echter geen bewijzen tegen de NAVO ter sprake brengen omdat de NAVO niet terechtstaat. Milosevic antwoordde dat alles wat donderdag in de rechtszaal ter sprake was gekomen, overduidelijk de relatie tussen de bombardementen en de vluchtelingen aantoont.