„Een in de politiek verdwaalde wetenschapper.” Zo typeerde VVD-coryfee Neelie Kroes, met wie Peper van 1995 tot 2003 gehuwd was, haar man ooit liefkozend in een interview. Die omschrijving sneed beslist hout. Het was immers Peper zelf die als burgemeester van Rotterdam niet onder stoelen of banken stak dat hij maar moeilijk aarden kon in die bestuurlijke functie. Voor zijn gevoel was hij niet meer dan een soort „bestuurlijke randgroepjongere”, biechtte hij ooit op.

Peper werd op de post benoemd door partijgenoot Ed van Thijn, net als hij een zwaargewicht in de toen nog oppermachtige PvdA. Voor die tijd was hij hoogleraar sociaal-economisch beleid, kroonlid van de SER, maar vooral PvdA-partijadviseur en -speechwriter.

De burgemeester Peper ontpopte zich als een bestuurder met twee gezichten. Enerzijds genoot hij faam als visionair die werk maakte van de stadsvernieuwing en die Rotterdam, dankzij zijn goede contacten in het internationale lobbywerk, op de kaart wist te zetten als het Manhattan aan de Maas. Daartegenover staat zijn publiek bekend geworden drankprobleem en een lange rij aan (personeels)conflicten met ambtenaren, zoals met de tot hoofdcommissaris van politie benoemde voormalig generaal-majoor Brinkman. Omvangrijk was ook de reeks van in grootte variërende bestuurlijke conflicten; over Pepers ambtswoning, zijn eigengereide inzet Rotterdam te laten opgaan in een stadsprovincie en de sluiting van Perron Nul, de gedoogplek voor verslaafden nabij het Centraal Station.

Declaraties

Eind jaren negentig begon de macht van de PvdA in de havenstad te tanen. Pim Fortuyn begon er aan zijn opmars, maar toenmalig PvdA-partijleider Wim Kok bleef Peper zien als strateeg en nam hem op als minister (van Binnenlandse Zaken) in zijn tweede kabinet. Daar kreeg Peper alsnog de rekening gepresenteerd voor de regenteske stijl waarmee hij zijn stad 16 jaar had bestuurd. Anonieme bronnen brachten via de media naar buiten dat hij door overmatig te declareren een grote zak gemeenschapsgeld zou hebben verbrast.

Toen het stof eenmaal was neergedwarreld, bleek de zaak te gering voor een strafrechtelijk onderzoek, maar met Pepers invloed –ook in de PvdA– was het voorgoed gedaan.